珂珂 发表于 2024-1-4 15:28 最后是换成NH热浴后结果量级一致 |
| 您好，请问您这个问题最后怎么解决的？我也遇到了跟您类似的问题 |
bobosiji 发表于 2021-3-13 08:58 我也反对啊，但是我们这不是说重复文献的事吗。我还反对拿NPT算diffusion constant呢，这不是也没提…… |
k64_cc 发表于 2021-3-12 22:50 感谢，换成NH热浴后结果量级一致，对扩散系数计算改进明显；对于约束all-bonds和h-bonds二者之间差异不算大（分别为0.17×10^-5和0.45×10^-5）。后续应该还会用h-bonds，原理上更好一些。开始没想到热浴会引起这样的差异，还得多看书，多尝试。。。 |
bobosiji 发表于 2021-3-13 08:58 我刚做完NH热浴的情况，产生相跑10ns，用all-bonds约束加NH热浴，扩散系数结果为0.17×10^-5，h-bonds约束加NH热浴结果为0.45×10^-5，实验值是0.23×10^-5，文献模拟结果是0.11×10^-5（或0.18×10^-5，力场不一样）。感觉也是原理上只对H做约束更合理，只是为重复下文献先试一下，实际做研究应该很少对所有键施加约束。 |
k64_cc 发表于 2021-3-12 22:50 "LINCS做all bond constraint": sob老师不是强烈反对这个么？个人觉得限制不含H原子的化学键也不合理哇 |
本帖最后由 k64_cc 于 2021-3-12 22:54 编辑 李春晖 发表于 2021-3-12 21:09 我只看了TBP这一篇，要不你切个Nose-Hoover再跑一遍？他们产生相是用NH跑的。我刚用LJ fluid试了一下，NH和V-rescale的差别还是挺显著的。 另外他文章里说用了LINCS做all bond constraint，你mdp里没写这一段，我记得没写的话默认是no constraint。Flexiblility应该是有影响的吧……加上再来一遍？ |
| 参与人数Participants 1 | eV +1 | 收起 理由Reason |
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李春晖 发表于 2021-3-12 21:11 不做定量的前提下情况，把趋势做好就行了 |
bobosiji 发表于 2021-3-12 16:15 嗯，我去找了下JCTT, 2017, 13, 6131-6145里的mdp文件，版本不太一样不能直接跑，我按他的重新修改下我自己的文件，再跑跑看。不解决这个问题觉得模拟结果也不可靠。。。 |
Kangtor 发表于 2021-3-12 10:47 谢谢，我查了些文献，确实，不同实验值是有些差异，我再算算其他的性质，我主要是想保证计算结果的合理性，尽量避免出现定性的问题。。。 |
k64_cc 发表于 2021-3-12 13:18 您好，谢谢您的建议。我按您说，重跑了TBP的NPT产生相模拟，tau-t由0.2调到了1.0，重跑了10ns的数据，扩散系数小了一丢丢，gmx msd给的结果是0.0175×10^-5(tau-t 为0.2时是0.0180×10^-5)，TBP的参考文献是J. Phys. Chem. B 2016,120, 5183-5193，离子液体我也重跑下，再看看结果（参考文献是GAFF力场是J. Phys. Chem. B 2015,119, 5882-5895，OPLS力场JCTT, 2017, 13, 6131-6145）。 |
本帖最后由 k64_cc 于 2021-3-12 16:33 编辑 bobosiji 发表于 2021-3-12 16:15 然而他也没贴文献，就只能考虑跟实验数据对比了…… |
k64_cc 发表于 2021-3-12 13:18 从楼主的回帖来看，现在的问题是楼主用同样力场，同样模拟参数，重复别人的文献，扩散率结果小一个数量级。有些参数，如果人家文章里没说，自己是可以调调看，比如你说的tau-t，盒子尺寸，以及模拟软件，软件版本号等 |
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你改改V-rescale的耦合系数看看扩散系数变不变…… 另外，PBC下的扩散系数随盒子增大是线性变化的，斜率和-1/viscosity正相关。换句话说，它比实验值小才是正常的。 |
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