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为什么confab、vmd搜索带正电荷分子构象的过程中多了一个键或原子？

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Altair

发布时间: 2021-3-13 11:26

正文摘要:

各位老师好，我现在在优化一个罗丹明类分子，如图所示，分子带一个正电荷：

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Altair 发表于 Post on 2021-3-14 09:51:53

明白了，非常感谢sob老师！

sobereva 发表于 Post on 2021-3-14 02:55:34

仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

xyz文件根本不记录连接关系。你希望改过键连关系后下次打开还是那样，应该用mol这种有连接关系的文件格式。

这种体系可旋转的键总共也没几个，根本用不着confab，直接用gentor，设两个N-C、两个C-C键旋转就完了。
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

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