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求助,冻结的原子坐标会变化

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发布时间: 2021-3-24 10:25

正文摘要:

   将小分子牵引穿过膜时,发现小分子基本不动,而“freeze”的虚原子却被牵引了,尝试只有小分子和虚原子的NVT体系,发现虚原子freeze之后,坐标仍然会改变,而小分子和虚原子都freeze则坐标不会改变。最 ...

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chuanghao 发表于 Post on 2021-3-24 15:40:55
sobereva 发表于 2021-3-24 11:06
把消平动设置关了试试

感谢sob老师。将平动消除设置为”none“之后,虚原子就freeze不动了。但是这样子设置是否会有不合理的地方(想研究的体系是小分子穿过角质层双层膜的体系)?另外,尝试了对除虚原子外的原子消除平动,结果仍是虚原子坐标会改变。
sobereva 发表于 Post on 2021-3-24 11:06:11
把消平动设置关了试试

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