gromacs适合模拟不同碱金属离子对G4结构稳定的影响吗？

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HZW

发布时间: 2021-3-24 14:50

本帖最后由 HZW 于 2021-3-24 14:50 编辑最近一直纠结于一个问题，利用Gromacs模拟不同碱金属离子（Li, Na, K , Rb, Cs）对G-quadruplex构象和稳定性的影响（离子参数：JC，力场：amber99SB的Parmbsc1），结果发 ...

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HZW 发表于 Post on 2021-4-10 00:19:59

好的，谢谢卢老师支招儿。

sobereva 发表于 Post on 2021-4-4 05:14:22

HZW 发表于 2021-3-25 23:10
好的，谢谢卢老师，我要怎么说服我导师呢，lammps不适合生物分子模拟

你去搜搜lammps和gromacs跑生物分子的文章数目就知道了

HZW 发表于 Post on 2021-3-25 23:25:00

那利用gromacs来模拟，离子参数用JC的还是LM的比较好，gromacs里边也不能用12-6-4式。对于不能跑出和实验上相符的结果我老师分析的是目前的分子力场是没有考虑极化作用的，极化作用很难计算的，所以极化作用的力场开发的很慢。但是极化作用在模拟离子对结构的影响中起着比较重要的作用。

HZW 发表于 Post on 2021-3-25 23:10:02

好的，谢谢卢老师，我要怎么说服我导师呢，lammps不适合生物分子模拟

sobereva 发表于 Post on 2021-3-25 07:27:22

GROMACS可以。结果取决于力场和模拟设置
Lammps一般不用于生物分子，对这方面没有相应的考虑，虽然也不是不能用Lammps来跑，但比起专门适合生物分子模拟的程序来说只有劣势没有优点。如果你导师不是这方面的内行，也没法给出信服的理由，不要听他的，否则白浪费自己的时间

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