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求助：gromacs运行grompp命令报错

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jiaxing6821

发布时间: 2021-3-26 18:29

正文摘要:

请问在gromacs运行grompp命令，给体系加离子的步骤中出现下图报错是什么原因？该如何解决呢？

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黄舒伟 发表于 Post on 2021-4-3 12:15:57

Kangtor 发表于 2021-3-27 16:52
你体系的电荷没有中和好，会出现问题的，不要忽略掉。好好检查一下.itp文件中的内容

想请问下大佬，他这一步是准备给体系添加离子，那么这个电荷没中和不应该是没问题的吗？毕竟后面会添加离子？还是我哪想错了呢？期待批评指教

jiaxing6821 发表于 Post on 2021-4-3 08:53:15

Kangtor 发表于 2021-4-2 13:15
原子信息那部分

感谢您的解答!

Kangtor 发表于 Post on 2021-4-2 13:15:21

jiaxing6821 发表于 2021-3-28 10:01
请问是检查itp文件的哪个部分呢？本人入门小白，希望得到您的指点！

原子信息那部分

jiaxing6821 发表于 Post on 2021-3-28 10:01:52

Kangtor 发表于 2021-3-27 16:52
你体系的电荷没有中和好，会出现问题的，不要忽略掉。好好检查一下.itp文件中的内容

请问是检查itp文件的哪个部分呢？本人入门小白，希望得到您的指点！

Kangtor 发表于 Post on 2021-3-27 16:52:55

jiaxing6821 发表于 2021-3-26 21:28
警告是这样的，请问sob老师，这个可以用maxwarn命令无视吗？感谢您的解答！
WARNING 1 [file protein.top, ...

你体系的电荷没有中和好，会出现问题的，不要忽略掉。好好检查一下.itp文件中的内容

jiaxing6821 发表于 Post on 2021-3-26 22:10:25

panernie 发表于 2021-3-26 22:07
可以忽略

感谢您的解答！

panernie 发表于 Post on 2021-3-26 22:07:41

jiaxing6821 发表于 2021-3-26 21:28
警告是这样的，请问sob老师，这个可以用maxwarn命令无视吗？感谢您的解答！
WARNING 1 [file protein.top, ...

可以忽略

jiaxing6821 发表于 Post on 2021-3-26 21:28:40

警告是这样的，请问sob老师，这个可以用maxwarn命令无视吗？感谢您的解答！
WARNING 1 [file protein.top, line 65]:
  You are using Ewald electrostatics in a system with net charge. This can
  lead to severe artifacts, such as ions moving into regions with low
  dielectric, due to the uniform background charge. We suggest to
  neutralize your system with counter ions, possibly in combination with a
  physiological salt concentration.

sobereva 发表于 Post on 2021-3-26 19:25:12

看前头的warning
如果确认都无害，加上-maxwarn 5无视

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