很不错的测试，为更好使用胖节点提供依据。

我们服务器是以节点来分配的，为了资源合理利用，只给使用12核

Aminus 发表于 2015-12-8 21:30
建议做如下测试：
1. 同一个节点上，对同一任务，计算分别为4，8，12，16，20，24核，然后看总的计算时间 ...

没懂为什么这样合理。
显然CPU的总占用率跟任务的最佳核数是相关的，故作这样的的正交优化显然不一定能得到最优解。

目前所有测试都是单台工作站的测试。以及有前人测试的结果表明硬盘写入不构成决速步。

建议做如下测试：
1. 同一个节点上，对同一任务，计算分别为4，8，12，16，20，24核，然后看总的计算时间，找出最优使用的核心数，
2. 如果以上最优核心数小于总核数的一半以上，分别再测试同一任务在最优核使用情况下，同时提交两个三个任务，再看

楼主没有提到的参数还有，临时文件，输出文件log，写在哪里，是在计算节点，还是其他节点（如存贮节点），这些也是影响因素。

youyno 发表于 2015-11-25 23:01
有没有测试超线程开启情况下的效率？

已经开了

有没有测试超线程开启情况下的效率？

liyuanhe211 发表于 2015-11-25 13:11
呃~~忘记了~~好像有一个自变量是基函数个数，可以查一下。
以及想怎么测？用2个核不就能测了

恩，谢谢Li老师，谷歌一下看一看能不能找到。

978142355 发表于 2015-11-25 12:27
其实我一直就想做这个测试，只不过只有1个4个核的机器，没法做。经验公式？Li老师在哪里看到的？

呃~~忘记了~~好像有一个自变量是基函数个数，可以查一下。
以及想怎么测？用2个核不就能测了

liyuanhe211 发表于 2015-11-25 11:04
可能对计算确实有影响，有一个理想值，我记得还有一个经验公式来算，给多少内存合适。不过这么做的假设是 ...

其实我一直就想做这个测试，只不过只有1个4个核的机器，没法做。经验公式？Li老师在哪里看到的？

978142355 发表于 2015-11-25 08:25
对，我就是这个意思，比如算苯分子，内存给的极小和极大，算的时间都比合适地给要长。我想你如果都给力4 ...

可能对计算确实有影响，有一个理想值，我记得还有一个经验公式来算，给多少内存合适。不过这么做的假设是，绝对速度与内存有关，但使用不同核数且内存与核数成正比时，不同核数之间的相对速度基本不受影响。有时间也可以测试一下。

liyuanhe211 发表于 2015-11-25 03:09
呃，没懂。记得有人说内存和线程数成正比是比较合理的，即所有的内存平分给各核用。故而这样分配内存，不 ...

对，我就是这个意思，比如算苯分子，内存给的极小和极大，算的时间都比合适地给要长。我想你如果都给力4个G对于计算会不会有影响呢？

978142355 发表于 2015-11-24 23:50
分子中原子个数似乎对%mem的不同，计算速度也不同。

呃，没懂。记得有人说内存和线程数成正比是比较合理的，即所有的内存平分给各核用。故而这样分配内存，不知道这个说法对不对。

smutao 发表于 2015-11-24 22:38
从第二部分的测试来看
似乎任务很多的时候集中火力一个一个任务跑反而是效率最高的
这个也不难理解——因 ...

这个结论只对l703成立，如果观察其他几项，如总时间，似乎最高的还是较少的核数。另外根据检测，整个过程中CPU等待io都很低，所以硬盘读写可能不够成决速步。一些读写较多的任务比如post-HF可能确实会有你说的问题。

liyuanhe211 发表于 2015-11-24 20:21
除列出的以外，每核4G，上面写了。

分子中原子个数似乎对%mem的不同，计算速度也不同。