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求助：GROMACS计算后诸多RMSD的含义差别？

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yygong

发布时间: 2021-3-30 09:44

正文摘要:

本帖最后由 yygong 于 2021-3-30 09:44 编辑参考卢老师的Gromacs讲义中的单分子动力学特征的模拟和分子组装的模拟，跑完MD后，输入gmx energy -f md.edr 命令，11选择查看总能量收敛情况，在此处有RMSD=27.7316 ...

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yygong 发表于 Post on 2021-3-31 15:14:55

sobereva 发表于 2021-3-31 13:05
1 图1的RMSD体现的是你当前选的总能量的波动情况
2 没有任何关联。图2体现的是结构的波动情况

谢谢sob老师

yygong 发表于 Post on 2021-3-31 15:14:09

rpestana94 发表于 2021-3-30 21:48
I'm not pretty sure but I assumed is the rmsd of the energy value, at the end of the day the rmsd is ...

谢谢你答复

sobereva 发表于 Post on 2021-3-31 13:05:22

1 图1的RMSD体现的是你当前选的总能量的波动情况
2 没有任何关联。图2体现的是结构的波动情况

rpestana94 发表于 Post on 2021-3-30 21:48:53

I'm not pretty sure but I assumed is the rmsd of the energy value, at the end of the day the rmsd is a statistical measure so it can be applyed to any data you have not just to atomic position.

A recomendation will be to do RMSF and radious of gyration to get more information about the behaviour of the system.

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