关于amber跑REMD的一些问题....

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发布时间: 2021-3-31 23:30

各位大大好，菜鸡我最近在用amber20跑REMD副本交换，但是发现了一个非常奇怪的现象：我是按照官网上(http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial7/index.php)的教程来做REMD的，但是体系用的是我自己的蛋白质 ...

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冷血 发表于 Post on 2021-4-29 11:14:34

BBBcf 发表于 2021-4-25 18:59
这个并没有一个统一的说法，取决于体系大小和研究目的吧，具体可以参考一下REMD文章原文的论述
http://a ...

好嘞，谢谢。学习起来

BBBcf 发表于 Post on 2021-4-25 19:00:08

BBBcf 发表于 2021-4-25 18:59
这个并没有一个统一的说法，取决于体系大小和研究目的吧，具体可以参考一下REMD文章原文的论述
http://a ...

BBBcf 发表于 Post on 2021-4-25 18:59:30

冷血发表于 2021-4-15 14:32
你好，借楼请教一下，如何确定副本数量，还有这个温度怎么设置呢？

这个并没有一个统一的说法，取决于体系大小和研究目的吧，具体可以参考一下REMD文章原文的论述
http://ambermd.org/tutorials/adv ... _chem_phys_lett.pdf

冷血 发表于 Post on 2021-4-15 14:32:33

你好，借楼请教一下，如何确定副本数量，还有这个温度怎么设置呢？

BBBcf 发表于 Post on 2021-4-1 10:02:48

老版本应该交换的是副本，不是温度；而新版本交换的是温度而不是副本，应该是这样的；两者交换任何一个都可以，都是相对的过程。
解决了～

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