求助，关于SETTLE算法的一个疑问

查看数: 10351 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2021-4-7 14:01

各位老师好：我目前尝试用gromacs进行TIP3P水分子模型的MD模拟。体系中共有1728个水分子。我明确地在mdp文件中设置了constraints = all-bonds，但我发现得到的轨迹当中水分子的O-H键长（ ...

回复 Reply

weng 发表于 Post on 2021-4-12 13:32:41

sobereva 发表于 2021-4-8 03:04
根本没必要写constraints = all-bonds，你不指定-DFLEXIBLE直接就是用SETTLS约束水为刚性
all-bonds是对于 ...

感谢老师！
我后来弄明白了，原来是存储精度的问题。我设置的xtc存储精度不够，所以四舍五入之后，键长就会有比较大的变化。

sobereva 发表于 Post on 2021-4-8 03:04:50

根本没必要写constraints = all-bonds，你不指定-DFLEXIBLE直接就是用SETTLS约束水为刚性
all-bonds是对于其它情况靠LINCS约束键长才用的

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register