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residue contact map 这种图如何画

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xking

发布时间: 2021-4-8 22:55

正文摘要:

本帖最后由 xking 于 2021-4-8 22:56 编辑请问大家这种图该怎么画啊需要什么文件

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xking 发表于 Post on 2021-4-12 14:14:19

sobereva 发表于 2021-4-12 08:53
可以试试这个，不过我没用过
http://bbs.keinsci.com/thread-20056-1-1.html

太感谢了，多谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2021-4-12 08:53:07

xking 发表于 2021-4-10 16:31
老师，我用gromacs跑了gmx mdmat，xpm文件转化成eps文件之后，出现了残基接触图，但是paper里都是彩色的 ...

可以试试这个，不过我没用过
http://bbs.keinsci.com/thread-20056-1-1.html

sobereva 发表于 Post on 2021-4-10 06:03:11

xking 发表于 2021-4-9 21:25
thanks, gmx mdmat produce what kind of file to make map
and I can make the contact map by import t ...

3.png (106.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 50)

xking 发表于 Post on 2021-4-9 21:25:32

thanks, gmx mdmat produce what kind of file to make map
and I can make the contact map by import the .gro file into VMD ,but the print file is .ps,
so,I want to ask what method to convert .ps to png

rpestana94 发表于 Post on 2021-4-8 23:49:49

xking 发表于 2021-4-8 10:14
想问一下，这个图是gromacs命令跑出来的数据吗

It can be, yeah, I just find gromacs have its own command to get the data, gmx mdmat - Calculate residue contact maps

xking 发表于 Post on 2021-4-8 23:14:02

rpestana94 发表于 2021-4-8 23:07
using cpptraj or MDanalysis (python library) you can do such graph

想问一下，这个图是gromacs命令跑出来的数据吗

rpestana94 发表于 Post on 2021-4-8 23:07:03

using cpptraj or MDanalysis (python library) you can do such graph

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