计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 求助，请教不相连的两个芳环的二面角计算方法

求助，请教不相连的两个芳环的二面角计算方法

查看数: 11549 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

yuyancheng2001

发布时间: 2021-4-9 14:28

正文摘要:

本人主要做药物化学相关内容。在课题进行时，发现小分子结构（如下图）中的A环与B环相对位置对其与蛋白亲和力影响较大。希望通过MD模拟，统计小分子与蛋白结合构象中A环和B环的二面角。目前我遇到的问题：A ...

回复 Reply

yuyancheng2001 发表于 Post on 2021-4-9 15:08:15

lyj714 发表于 2021-4-9 14:39
这叫两平面夹角，我记得前段时间multiwfn说的支持pi-pi夹角和距离的计算，你用那个功能即可。
计算分子动 ...

好的，感谢，我试一试！

lyj714 发表于 Post on 2021-4-9 14:39:36

本帖最后由 lyj714 于 2021-4-9 14:48 编辑

这叫两平面夹角，我记得前段时间multiwfn说的支持pi-pi夹角和距离的计算，你用那个功能即可。
计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角
http://sobereva.com/590

实际使用注意gromacs轨迹的pbc情况，提供给multiwfn的轨迹要始终保持该分子完整

虽然gmx gangle等工具也可以计算两个平面的夹角，但是直接用的话每个平面只能是由三原子构成的，因此最好的方法是六原子拟合平面然后计算，比如用上面提到的multiwfn功能。

评分 Rate

参与人数 Participants 1	eV +2	收起理由 Reason
sobereva	+ 2

查看全部评分 View all ratings

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register