向大家请教关于namd控制文件里两个参数的问题

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发布时间: 2021-4-13 10:30

本帖最后由 yl233 于 2021-4-13 13:40 编辑 1. 这里的rigidbonds就是使用的shake算法，约束的所有含氢原子的键吗？ 2. 还有langevinyHydrogen这个参数，off/on的意义是什么？手册上说这个参数indicates whether ...

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yl233 发表于 Post on 2021-4-15 10:17:52

fhh2626 发表于 2021-4-14 12:23
1. 对水分子是用的SETTLE
2. 建议你学习一下分子动力学的基础，了解Langevin dynamics
3. 可以

好的，谢谢谢谢

fhh2626 发表于 Post on 2021-4-14 12:23:50

1. 对水分子是用的SETTLE
2. 建议你学习一下分子动力学的基础，了解Langevin dynamics
3. 可以

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