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碳环吸附水溶液中磷酸根体系优化构型与结合能计算求助

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yang2020

发布时间: 2021-4-14 21:37

正文摘要:

Sob老师，各位老师大家晚上好，如图中第一张图是我构建的碳环吸附水溶液中磷酸根的初猜结构，第二张图是优化完后的构型，请问为什么N原子上的氢原子会跑到磷酸根上结合了？这时候算结合能时，这个脱离的氢原子是 ...

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北大-陶豫 发表于 Post on 2021-4-15 10:48:20

本帖最后由北大-陶豫于 2021-4-15 10:49 编辑

yang2020 发表于 2021-4-15 10:19
谢谢老师的解答。请问老师“在显式水环境中跑从头算动力学”有相关博文介绍吗？

自己Google“AIMD”，设置站点为"sobereva.com"、"bbs.keinsci.com"。（其实百度好像也行，限制站点后百度和Google并没有太大差别）
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子 http://sobereva.com/576

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yang2020 发表于 Post on 2021-4-15 10:20:44

喵星大佬发表于 2021-4-15 07:55
为啥总觉得你这个模型跟你想算得东西相差甚远

请问前辈，是碳环的体系太小了吗？我下一步是打算将碳环的大小变大一些

yang2020 发表于 Post on 2021-4-15 10:19:06

sobereva 发表于 2021-4-15 07:00
当前级别当前模型下N结合质子的能力没有O那边强所致。显然算磷酸根那一边。要知道磷酸虽然脱离一个质子容易 ...

谢谢老师的解答。请问老师“在显式水环境中跑从头算动力学”有相关博文介绍吗？

喵星大佬 发表于 Post on 2021-4-15 07:55:01

为啥总觉得你这个模型跟你想算得东西相差甚远

sobereva 发表于 Post on 2021-4-15 07:00:50

当前级别当前模型下N结合质子的能力没有O那边强所致。显然算磷酸根那一边。要知道磷酸虽然脱离一个质子容易，但是pKa是逐级增大的，在中性水环境下[PO4]3-的出现比例微乎其微，看https://www.aqion.de/site/127
另外，对于磷酸根[PO4]3-这种带大量负电荷物质，靠隐式溶剂模型没法理想描述。想比较真实地模拟水环境中质子的状态，应该在显式水环境中跑从头算动力学

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