你好，请问这个问题解决了么？我也遇到了类似的现象。

邱美佳 发表于 2021-4-22 09:26
请问在mdp 里如何添加长程的库仑力呢

可以根据轨迹重算相互作用，

体系中有A, B两种分子, 离子和水, 要计算A, B两种分子之间的相互作用

1. 使用 gmx trjconv将A, B的轨迹提取出来
gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -n -o AB.xtc
2. 使用GMX的 rerun 方法, 重跑一遍轨迹, 计算AB体系中的相互作用.
首先需要AB体系的 AB.tpr文件, 所以先抽取一帧只含AB分子的构型

gmx trjconv -f md.gro -s md.tpr -n -o AB.gro
编辑拓扑文件, 只留下A和B, 保存为 AB.top, 然后生成tpr文件, 并重跑

gmx grompp -f md.mdp -c AB.gro -p AB.top -o AB.tpr
gmx mdrun -s AB.tpr -rerun AB.xtc -e AB.edr
此外, 要获得只含A和B的tpr文件, 使用gmx convert-tpr -n可能更方便.

3. 将轨迹中A组分和B组分的轨迹分别提取出来, 分别用上述方法重跑一遍轨迹, 分别得到A体系和B体系的能量
4. 使用 gmx energy 分析计算相互作用的能量

白也 发表于 2021-4-21 21:19
试试加上长程的库伦力Coul.-recip.

请问在mdp 里如何添加长程的库仑力呢

试试加上长程的库伦力Coul.-recip.

sobereva 发表于 2021-4-21 16:31
检查一下组的定义是否正确

卢老师，我在energygrps那里是这么定义组的 energygrps = NA CL  ，NA 和CL在索引文件里是有的，感觉没啥问题呀？

检查一下组的定义是否正确