请问下大家关于跑磷脂膜平衡的问题

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发布时间: 2021-4-25 19:43

最近在跑磷脂膜的平衡，最小化完成后，进行了5ns的MD模拟，可是跑的过程中发现结构有点散，上层水分子会往下跑。所以想请问下大家这是不平衡的原因吗，如果是，该如何修改conf文件呢？最小化后的图和5ns之后的图给出 ...

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namd学者 发表于 Post on 2021-4-26 15:28:24

sobereva 发表于 2021-4-26 15:09
仔细阅读我的回复

了解了，谢谢社长

sobereva 发表于 Post on 2021-4-26 15:09:58

namd学者发表于 2021-4-26 14:52
谢谢社长。我想做的是磷脂膜在电场作用下的研究（像用VMD计算水分子偶极矩），那我如果在这个情况下加电 ...

仔细阅读我的回复

namd学者 发表于 Post on 2021-4-26 14:52:56

sobereva 发表于 2021-4-26 13:42
没太明显的异常，本身实际的磷脂膜就没有你想象得那么理想
你的模型水层厚度偏小
“上层水分子会往下跑” ...

谢谢社长。我想做的是磷脂膜在电场作用下的研究（像用VMD计算水分子偶极矩），那我如果在这个情况下加电场再进行模拟，会对图像或者计算的结果有影响吗？

sobereva 发表于 Post on 2021-4-26 13:42:48

没太明显的异常，本身实际的磷脂膜就没有你想象得那么理想
你的模型水层厚度偏小
“上层水分子会往下跑”如果是指跨越盒子上方而跑到底下，这是周期边界条件带来的极为正常的事情
观看磷脂膜的时候应当用正交视角，避免视觉误差

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