喵星大佬 发表于 2021-9-15 03:38
这么说来CFF系列力场跟CVFF还是很有关系的，也都是一伙人搞的。
另外就是这个培训不涉及分子对接/MC的相 ...

分子对接是单独的课程，由于内容不够一个workshop的，所以预计以付费视频方式提供。去年这部分的幻灯片做了一半，后来忙别的事就搁置了，等有空时候再弄完。autodock vina新版本我最近也看JCIM上的文章注意到了。

sobereva 发表于 2021-9-15 03:23
年份已改
PNAS这篇给出了CFF名义上的第一篇Derivation of class II force fields. I. Methodology and q ...

这么说来CFF系列力场跟CVFF还是很有关系的，也都是一伙人搞的。
另外就是这个培训不涉及分子对接/MC的相关内容，但是就生物分子模拟来说对接其实是产生初始结构的主要方法之一，不管是蛋白-小分子还是蛋白-蛋白(核酸)的复合物(这块应该也是MD的最主要应用)，是不是可以考虑添加部分相关内容呢
虽说这玩意其实比较简单，比MD简单得多，但其实细节也有不少，再就是Autodock Vina的新版本发布了，看文章似乎还不错，感觉可以补充一点？

喵星大佬 发表于 2021-9-15 03:15
CFF的第一篇引文PNAS是88年的，不是98年，原文的力场形式是CVFF的，是不是放错了。。。正儿八经CFF91形式 ...

年份已改

PNAS这篇已经给出了CFF的力场函数形式了，从历史的角度也可以作为CFF的原文，一些地方比如http://www.sklogwiki.org/SklogWiki/index.php/CFF91_force_field里也是引的PNAS这篇。

J. Am. Chem. SOC. 1994,116, 2918-2981那个一般视为是CFF93的原文。

sobereva 发表于 2021-9-6 01:07
笔误已改

CFF的第一篇引文PNAS是88年的，不是98年，原文的力场形式是CVFF的，是不是放错了。。。正儿八经CFF91形式应该是从那个94年的JACS和JCC开始的

喵星大佬 发表于 2021-9-6 00:35
讲义里面讲的给Gromos54A7力场添加虚拟点描述卤键的部分引文应为J. Chem. Theory Comput. 2018, 14, 5383， ...

笔误已改

讲义里面讲的给Gromos54A7力场添加虚拟点描述卤键的部分引文应为J. Chem. Theory Comput. 2018, 14, 5383，不是J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 3825，那个是H66的原文；还有43A2的原文应该是Mol. Simul. 2000, 25, 301

Yaohui 发表于 2021-6-29 23:24
想问下21年暑假还有GMX的培训吗，想参加

暑假没有
再下一届是9月或10月

想问下21年暑假还有GMX的培训吗，想参加

dengzijunwind 发表于 2021-5-13 04:00
请问有关于巨正则蒙特卡洛的培训吗

无
有什么去北京科音主页看“科研培训”栏目

请问有关于巨正则蒙特卡洛的培训吗

虽然已经有一些模拟经验了，但是上完课依然感觉收获非常大，把很多以前一知半解的地方通透了

慕名参加了gmx的培训感觉卢老师好厉害，好多东西都是超级详细，收获很多

Sob老师的课真的非常值，有时间必须全部刷一遍！

集齐七本能召唤神龙吗？

培训结束后，试着把讲义上的知识用在自己的实验上，这个过程中发现老师的讲义简直太精细了，出现了问题，通过仔细理解讲义的内容和思路，就能找到解决办法。四天的培训时间，很难一下把讲义上的知识理解透彻（内容太丰富），更多需要课后自己钻研，以及与老师同学交流。俗话说师傅领进门，修行靠个人。这次课程的学习就是我前行的动力。感谢sob老师以及这此培训班同学们的热心解答！