王采岑 发表于 2021-5-12 09:34 您好，请问做晶体结构的itp文件时，是用的晶胞来做呢，还是超晶胞以后的整体结构来做呢？如能回复，不胜感激 |
nianbin 发表于 2021-5-10 16:26 对啊，反正是周期性结构，只要有了成键项和非成键项的各种数据就行了啊 |
| 你好，我想请问下你的力场文件是如何做的？直接拿单体来制作itp? |
sobereva 发表于 2021-4-29 15:36 好的好的老师，这次彻底清楚了，十分感谢老师 |
王采岑 发表于 2021-4-29 08:52 (1)对应晶体环境下的模拟 (2)对应真空下的模拟（只要黑色虚框与红框间距足够大）。只要温度够低，晶体就不会散开 |
sobereva 发表于 2021-4-28 18:41 好的好的，明白了老师，十分感谢 |
王采岑 发表于 2021-4-28 15:28 你若要在真空环境下模拟一小块晶体，显然得用(2)往周围扩真空区 不要把模拟用的盒子和超胞尺寸混淆，表述时候要分清楚。(2)里面的红框范围明显不应当说成超胞，而应当说是模拟用的盒子 |
王采岑 发表于 2021-4-28 10:00 真空下模拟就在周围加上真空区就完了，editconf结合-d构建新的盒子 你当前根本就不是加上真空区，而是平移复制成超胞，跟加真空区完全是两码事 |
EdwardLimit 发表于 2021-4-28 09:44 谢谢回复，这个我知道，因为还要在晶体中间替换一部分分子，所以超胞尺寸需要足够大，但就是在使用PBC模拟的时候，盒子尺寸的问题，是不是要像生物大分子一样，需要和盒子边界有一定的距离 |
sobereva 发表于 2021-4-28 00:03 谢谢sob老师，晶体在真空下模拟，那么盒子尺寸怎么设置呢，是等于扩胞数*晶胞尺寸，就是我现在加的盒子的大小，还是比这个数再大一个cutoff值？ |
| 你不加溶剂就是真空下模拟，加溶剂就是在液相模拟。固体是长程有序的，模拟固体中的一小部分(元胞或元胞的超胞)就能知道整个固体的性质。 |
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“晶体是在气相中模拟”语义不明。如果你是要模拟超胞，那是在晶体环境中模拟。 你当前的晶胞足够大了 |
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