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比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用

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发布时间: 2021-4-30 08:29

正文摘要:

比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用Use of uESE, a solvent model that is better than SMD for calculating solvation free energy 文/Sobereva@北京科音 2021-Apr-30 1 uESE溶剂模型简介 SMD是如 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-9-27 04:05:53
Accelerator 发表于 2023-9-26 18:07
现在文中提到的下载链接、以及原作者在其发表文章中提到的.es结尾的链接都打不开了,是否有人可以分享一份 ...

http://sobereva.com/attach/593/uESE,xESE.zip
这是我写帖子时候的程序版本
Accelerator 发表于 Post on 2023-9-26 18:07:10
现在文中提到的下载链接、以及原作者在其发表文章中提到的.es结尾的链接都打不开了,是否有人可以分享一份?与此同时我也在向原作者询问,如有结果也将分享给大家。

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sobereva 发表于 Post on 2022-12-31 00:48:25
BUCTtyl 发表于 2022-12-30 17:22
请问一下直接用uESE计算Cl-的溶解自由能,但是输出文件没报错也没计算,是什么原因?

具体问开发者
我只能说算这个没意义,单原子离子的溶解自由能不依靠显式溶剂模型肯定算不准
BUCTtyl 发表于 Post on 2022-12-30 17:22:32
请问一下直接用uESE计算Cl-的溶解自由能,但是输出文件没报错也没计算,是什么原因?

202212301721431213..png (126.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

202212301721431213..png
sobereva 发表于 Post on 2022-12-14 18:14:27
linqiaosong 发表于 2022-12-12 01:55
对于cp2k,是不是也可以用B3LYP/def2-TZVP优化以后产生molden文件,再用Multiwfn算CM5后产生uESE的输入文件

可以是可以
不过uESE只针对分子体系,用CP2K计算效率很低
linqiaosong 发表于 Post on 2022-12-12 01:55:57
对于cp2k,是不是也可以用B3LYP/def2-TZVP优化以后产生molden文件,再用Multiwfn算CM5后产生uESE的输入文件
chands 发表于 Post on 2022-12-11 19:19:00
lanthanum 发表于 2022-12-11 18:51
请问,这个uESE或者SM12溶剂模型,有没有办法外调,用于高斯带溶剂的opt ? 谢谢。

没办法,见23楼。
lanthanum 发表于 Post on 2022-12-11 18:51:40
请问,这个uESE或者SM12溶剂模型,有没有办法外调,用于高斯带溶剂的opt ? 谢谢。
sobereva 发表于 Post on 2021-7-20 18:50:10
slope 发表于 2021-7-20 18:07
老师,请问我可以在M06-2X/6-31g(d,p)下优化结构,再在B3LYP/def2-TZVP下进行单点能计算,再用这个结构算uE ...

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slope 发表于 Post on 2021-7-20 18:07:49
老师,请问我可以在M06-2X/6-31g(d,p)下优化结构,再在B3LYP/def2-TZVP下进行单点能计算,再用这个结构算uESE算溶解自由能吗?

Xian 发表于 Post on 2021-7-19 22:22:07

谢谢老师,我再去看看帖子,加深印象
sobereva 发表于 Post on 2021-7-19 22:11:33
Xian 发表于 2021-7-19 21:03
Sob老师,请问一下,如果是想优化-2价的配体分子的结构,不需要算溶解自由能,那么可以用这个uESE溶剂模型 ...
(2)uESE/xESE模型并不纳入SCF迭代过程中,也不影响电子结构,不能计算带溶剂模型时的受力和Hessian,相当于是一个“后”溶剂模型。uESE/xESE仅适合基于CM5电荷算溶解自由能的目的。由于uESE/xESE中的参数是基于气相下B3LYP/def2-TZVP级别的结构和波函数计算的CM5原子电荷拟合的,所以自己用uESE/xESE的时候CM5电荷也得在这个级别下计算。
Xian 发表于 Post on 2021-7-19 22:00:22
wzkchem5 发表于 2021-7-19 21:10
不行,因为uESE没有做梯度。
对于结构优化PCM一般就够了

好的呢,那我去比较一下真空和PCM条件下优化的结构,谢谢。
wzkchem5 发表于 Post on 2021-7-19 21:10:07
Xian 发表于 2021-7-19 14:03
Sob老师,请问一下,如果是想优化-2价的配体分子的结构,不需要算溶解自由能,那么可以用这个uESE溶剂模型 ...

不行,因为uESE没有做梯度。
对于结构优化PCM一般就够了

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