npt系综下水中的蛋白模拟出现问题

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Fmu

发布时间: 2021-5-1 15:38

用gromacs根据教程跑水中的蛋白，模拟体系是一个蛋白和125个水分子在180K下npt系综下跑1ns。查看md.gro也没有跑散，但是查看密度，100ps-200ps间出现一小段等与0的情况，后面又稳定在一个新的值，但是跟预平衡时不一 ...

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sobereva 发表于 Post on 2021-5-1 23:24:07

125个水分子也太少了，几乎不可能
没细节没法说，密度为0相当于盒子无限大，明显不可能

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