“第25届北京科音初级量子化学培训班” 将于6月11至14日于北京举办，是初学者真正从头一次性完整、系统性学习量子化学计算，从而能很快上手量子化学研究的重要机会，比起自己摸索、鼓捣能少走无数弯路。报名正在进行中，请点击此链接查看，欢迎参加！

捐赠本论坛 (Donate this site)

开启辅助访问

计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › gmx spatial生成的cube文件太大，怎么办？

gmx spatial生成的cube文件太大，怎么办？

查看数: 10613 | 评论数: 1 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2021-5-2 23:41

正文摘要:

想分析分子的sdf，然后用gmx spatial生成了cube文件，发现太大了，足足有28g，vmd一打开就崩溃，想问问大家有什么办法吗？我这边用的是-bin 0.01，生成了28g的文件，如果用-bin 0.05 生成的文件也有1g左右，而且sdf ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2021-5-2 23:49:57

用VMD自带的volmap插件产生空间分布函数。由于会用高斯函数平滑化，格点间较大也照样能得到较平滑的图像

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-6-10 18:35 , Processed in 2.599741 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list