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利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法

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sobereva

发布时间: 2021-5-4 12:14

正文摘要:

利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法Several methods to straighten molecular structures using Gaussian or ORCA program 文/Sobereva@北京科音First release: 2021-May-4 Last update ...

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Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-10-25 19:26:21

上个月的http://bbs.keinsci.com/thread-55724-1-1.html的楼主表示GaussView设置原子间距与clean功能也可以拉直大分子。

前两天Mole Day新发布的1.102.0版Avogadro2终于又把Avogadro的Auto Optimize Tool找回来了，要用Avogadro2拉直分子的话记得更新。目前可以选择GAFF、MMFF94、UFF等分子力场或LJ势来让分子弛豫，但是Avogadro原有的更新步数、优化算法、是否移动固定或忽略原子的设置还没在Avogadro2实现。该版本号称是下个大版本更新前的最后beta测试版，不知到时又会如何。（提醒：有关Avogadro2的用户反馈发在本论坛对改进软件没啥帮助，应当发到github的issue或者软件内Help - Discussion Forum指向的专属用户论坛去。）

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-4-10 22:12:47

3.3节的方法也可以反向操作，把原本是平直的分子卷起来。今天看到http://bbs.keinsci.com/thread-52796-1-1.html有人问三维稠合环的建模方法，在此以12个五元环为例分享下建模过程：
第一步，先拿画键线式的软件画11个五元环并接的结构，导出mol文件，然后在GaussView打开，适当加氢、清理得到起始的平面结构，并把其中一个原子稍翘起来破坏平面性；
第二步，保存出12-5.gjf文件后，给一端的原子设+10.0电荷、另一端的原子设-10.0电荷，注意由于未指定原子类型而需要在电荷与元素符号间用--两横分隔；
第三步，跑opt uff任务产生输出文件12-5.out，用GaussView打开可见结构已经卷起来、两端原子足够接近；
第四步，微调原子的键长键角二面角等把原先的两端连起来，再调整形式键级并带着成键关系保存新的12-5_2.gjf文件；
第五步，跑opt uff geom=connectivity任务产生输出文件12-5_2.out，用GaussView打开可见效果很好！
相关文件放在压缩包里了。

12-5.zip (181.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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neocc 发表于 Post on 2022-5-11 20:29:48

sobereva 发表于 2022-5-11 20:14
我从来不用avogadro建模，比gview差太多了

avogadro确实不太行

还是gv靠谱

sobereva 发表于 Post on 2022-5-11 20:14:18

neocc 发表于 2022-5-11 14:59
请问社长，avogadro1.2如何像gv6里面改变键长键角二面角的时候设定一端fix，另一端整个groups整体变化呢， ...

我从来不用avogadro建模，比gview差太多了

neocc 发表于 Post on 2022-5-11 14:59:19

请问社长，avogadro1.2如何像gv6里面改变键长键角二面角的时候设定一端fix，另一端整个groups整体变化呢，我看菜单栏里面只有view-properties选择对应属性并修改参数，但是修改后整个视角都变了。

另外必须吐槽还没开发完的avogadro2.0，c++，qt5开发，居然比1代还容易崩溃。。。

阿社社社 发表于 Post on 2021-6-22 10:27:22

snljty 发表于 2021-6-22 09:46
orca所在目录加进PATH试试

谢谢，问题解决了

snljty 发表于 Post on 2021-6-22 09:46:45

阿社社社发表于 2021-6-22 09:15
sob老师，我写bat文件想利用orca批处理施加外力的分子，程序报错orca_gstep不是批处理程序，有什么好方法可 ...

orca所在目录加进PATH试试

阿社社社 发表于 Post on 2021-6-22 09:15:32

sob老师，我写bat文件想利用orca批处理施加外力的分子，程序报错orca_gstep不是批处理程序，有什么好方法可以批量处理吗

sobereva 发表于 Post on 2021-6-15 22:07:42

文末新加入了使用Avogadro程序拉直分子的做法

sobereva 发表于 Post on 2021-5-20 20:25:29

wuzhiyi 发表于 2021-5-20 18:01
我也觉得是色散作用，但GFN2-xTB里用DFT-D4来描述色散作用，而B3LYP-D3(BJ)里用DFT-D3(BJ)，理论上来说应 ...

但毕竟GFN2-xTB底子差得多

wuzhiyi 发表于 Post on 2021-5-20 18:01:08

sobereva 发表于 2021-5-20 17:57
这和色散作用描述有密切关系，色散吸引作用比较倾向于蜷缩的

我也觉得是色散作用，但GFN2-xTB里用DFT-D4来描述色散作用，而B3LYP-D3(BJ)里用DFT-D3(BJ)，理论上来说应该差不多。。。。

sobereva 发表于 Post on 2021-5-20 17:57:23

wuzhiyi 发表于 2021-5-19 19:09
这是我的感觉不知道正不正确
我一般画完了一个分子，先用xtb优化，然后再上gaussian和orca。
感觉那种长 ...

这和色散作用描述有密切关系，色散吸引作用比较倾向于蜷缩的

wuzhiyi 发表于 Post on 2021-5-19 19:09:57

这是我的感觉不知道正不正确
我一般画完了一个分子，先用xtb优化，然后再上gaussian和orca。
感觉那种长分子，一版GFN2-xTB优化出来是长的伸展的，但gaussian和orca B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP优化出来就是蜷缩的，不晓得为啥。

lyj714 发表于 Post on 2021-5-4 14:04:18

本帖最后由 lyj714 于 2021-5-4 14:08 编辑

补充，我是GROMACS忠实用户，亲测gromacs中的三种方式均可实现本文例子，产生较好的效果。

三种方式分别为拉伸，外加电场，外加力（加速组）
值得注意的是对于特定体系，拉伸时间，电场强度，加速的大小需要自己尝试，一般设置大点效果明显
相关输入和输出文件见附件，本人使用的是GROMACS 2019.6版本

注意：
不同GROMACS大版本之间的pull，elec的mdp文件部分有显著的差异，一定要看对应版本的GROMACS手册！

file.7z

5.33 MB, 下载次数 Times of downloads: 77

pull,acc,elec

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tjuptz	+ 3	牛！
sobereva	+ 5
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