gsm算法的图大概长这样，想知道这样是不是不太合理，以及我又应该如何去调整呢？

请问一下各位大佬，我用pygsm的双端gsm方法生成过渡态初猜的结构，但是我不太确定怎么分析那个计算结果，求助（官方那个说明文档感觉啥也没说）。
我就是在想，他每个node的能量算出来都是负的，那我怎么拿能量的最高点作为初猜呢，我不知道我是不是算得有问题

chenxin199261 发表于 2021-6-21 08:42
sharp主要是因为，仅有3个beads（我总共用了70个beads）去描述过渡态附近的情况，其余的beads都掉到低能 ...

你可以嘗試GSM 但是不保證成功
事實上應該沒有任何一種找TS的initial guess方法可以保證找到TS
而且TS算法本身就是不好收斂的

ms860309 发表于 2021-6-20 18:10
除此之外，很sharp會有什麼問題嗎，對應到hessian應該是一個很負的值
應該是不影響TS!?
又或者你是擔心太 ...

sharp主要是因为，仅有3个beads（我总共用了70个beads）去描述过渡态附近的情况，其余的beads都掉到低能量区了。这样的话，最高点并不是过渡态。

除此之外，很sharp會有什麼問題嗎，對應到hessian應該是一個很負的值
應該是不影響TS!?
又或者你是擔心太sharp對於neb的每個node之間是equaly space會有影響？

chenxin199261 发表于 2021-6-20 17:47
请问，Growing String Method 是否可以解决过渡态附近beads数目过少、过渡态很尖锐的问题呢？
我用ASE里面 ...

我想你說的應該是node過少，在string method通常會用node
一般來說string method其中一個優點是不像NEB在高能量區域sample太多nodes
因此如果照你說的NEB算出來很sharp在string method"可能"會更嚴重，或許可以考慮減少插值ratio
-DQMAG_MAX 0.4
並且每個node優化的好一些再添加下個node
-ADD_NODE_TOL 0.005
另外是hydrogen transfer在string method時如果是用GFN-xTB必須用GFN1-xTB因為GFN2-xTB描述hydrogen transfer是比較不適合的

请问，Growing String Method 是否可以解决过渡态附近beads数目过少、过渡态很尖锐的问题呢？
我用ASE里面的NEB方法，找到的过渡态非常尖锐。在找Hydrogen atom transfer minimal energy path 时候，这种问题经常出现。