nemolee 发表于 2021-5-12 00:55 您好，最近遇到了跟您一样的问题，需要同时指定CHRG和UHF，使用命令行--chrg -1 --uhf 1 也会出现开始显示是正常，很快就变成了charge为0的情况，请问您如何实现的呀（CHGR文件和UHF文件以及命令行如何同时使用呀），恳请您指点  |
lyj714 发表于 2021-5-12 01:00 之前试过各种输入文件都失败了，等有空我核实一下是不是也是因为没删掉gfnff_topo文件。 |
nemolee 发表于 2021-5-12 00:56 还不如用xyz做输入文件，命令行直接指定来的直接。 |
RAL 发表于 2021-5-8 17:22 谢谢，已成功指定电荷。之前尝试没成功，现在想来应该是要删除那个gfnff_topo文件才行. |
lyj714 发表于 2021-5-8 22:40 我用pdb文件跑xtb已成功指定了电荷，.CHRG文件和命令行都用了，貌似是CHRG文件起作用了。 # atoms in fragment 1/2: 42 2601 fragment masses (1/2) : 412.58 15619.25 CMA distance (Bohr) : 3.219 constraining FC (au) : 0.0500 ######################################################################## [WARNING] Please study the warnings concerning your input carefully -1- prog_main: Charge in sdf/mol input was overwritten ######################################################################## charge from pdb residues: 1 1.00000000000000 ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: SUMMARY :: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: total energy -296.887407611223 Eh :: :: gradient norm 1.294692733173 Eh/a0 :: ::.................................................:: :: bond energy -234.209123477160 Eh :: :: angle energy 1.483834320024 Eh :: :: torsion energy 0.037740919550 Eh :: :: repulsion energy 23.490197963653 Eh :: :: electrostat energy -81.036875717923 Eh :: :: dispersion energy -1.706553290740 Eh :: :: HB energy -4.921238885122 Eh :: :: XB energy 0.000000000000 Eh :: :: bonded atm energy -0.025389443577 Eh :: :: external energy 0.000000000000 Eh :: :: add. restraining 0.000000000073 Eh :: :: total charge 1.000000000000 e :: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: |
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本帖最后由 lyj714 于 2021-5-8 22:59 编辑 好像是pdb格式的毛病，xyz没问题。
xtb使用gfnff时读pdb格式会直接用pdb中给的电荷，一般pdb的电荷列会没有值，所以xtb计算就始终为0 |
本帖最后由 nemolee 于 2021-5-8 22:28 编辑 RAL 发表于 2021-5-8 17:22 您是说，即使开始那个calculation setup显示有电荷，后面也会直接忽略吗？这个MD做的是不带电荷的吗？可是我刚用vmd看配位数Zn周围是六配位，应该是离子态啊。 我试过.CHRG指定了，结果一样，如下： ------------------------------------------------- | Calculation Setup | ------------------------------------------------- program call : xtb xtb.pdb --input input --md --gfnff hostname : bigdaddy coordinate file : xtb.pdb omp threads : 12 number of atoms : 2643 number of electrons : 7076 charge : 1 spin : 0.0 first test random number : 0.89721877419557 # atoms in fragment 1/2: 42 2601 fragment masses (1/2) : 412.58 15619.25 CMA distance (Bohr) : 3.219 constraining FC (au) : 0.0500 charge from pdb residues: 0 1.00000000000000 GFN-FF topology read from file successfully! ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: SUMMARY :: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: total energy -298.199598363851 Eh :: :: gradient norm 1.294976545394 Eh/a0 :: ::.................................................:: :: bond energy -234.209123477160 Eh :: :: angle energy 1.483936395525 Eh :: :: torsion energy 0.038294808185 Eh :: :: repulsion energy 23.498914683553 Eh :: :: electrostat energy -82.356264655409 Eh :: :: dispersion energy -1.707742887240 Eh :: :: HB energy -4.920851696642 Eh :: :: XB energy 0.000000000000 Eh :: :: bonded atm energy -0.026761534735 Eh :: :: external energy 0.000000000000 Eh :: :: add. restraining 0.000000000073 Eh :: :: total charge -0.000000000000 e :: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: |
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本帖最后由 RAL 于 2021-5-8 17:25 编辑 xtb的GFN-FF没办法在命令行指定体系的电子结构信息，但不会报错，而是把--chrg --uhf自动忽略掉，有点坑其实。 可以改用GFN0-xTB进行MD模拟，或者自己给一个.chrg文件 |
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