AndrewX 发表于 2021-5-12 21:15 pyGSM畫的 可以看我發的帖子 |
ms860309 发表于 2021-5-11 01:33 请问您这个图是用什么软件画的？ |
大肥猫 发表于 2021-5-12 16:10  我也是猜的，但通常来说尽量把其他可能性都试一下，就会看出一些问题。 |
fatpig 发表于 2021-5-11 12:44 您好，问题成功解决！感谢您非常有用的建议~从另一侧CH2优先翻转算出来的第一步过渡态是15kcal/mol, 第二步CH2翻转过渡态是10kcal/mol, 说明靠近芳环的这个CH2如果先翻转理论上是不合理的能垒太高。 |
fatpig 发表于 2021-5-11 12:44 问题确实是您说的这样，TSa是第一个过渡态，在它后面有一个比它能量略低0.5kcal/mol的另一个CH2翻转的TSb, 但从初始物A到Tsa或Tsb的能垒大于30是无法改变了  。。。。好高啊，感觉算出来的结果和实验现象不符，自发反应的能垒应该低于25才合理吧。。。。哭 |
大肥猫 发表于 2021-5-10 19:25 3-4双键的两侧各有一个-CH2，TSa只完成了一个-CH2的翻转，所以应该得到一个中间体，然后另一个-CH2再翻转生成产物，也就是说分两步进行，还有一个TS。但能垒确实是这么高无法改变。 可以先试试转另一个-CH2，可能也是分两步完成，但说不定能垒会低一些。 |
granvia 发表于 2021-5-11 01:17 算的是单点，可能我描述不准确，应该是计算的“气相单点”，然后再加和得到自由能 |
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你給我的AB居然轉了180度 難怪我跑得出來 請給正常一些的reactant跟product 附件可以用VMD看軌跡 
opt_converged_000.xyz
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| 气相自由能您换了泛函和大基组，算的是单点？ 单点计算能搞出自由能来么？ |
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我測試了GSM 不管是dft或者xtb TS能量都很高 我覺得要嘛是結構不合理 不然就是其他原因 |
| 个人感觉这个环的翻转用柔性扫描可能太简化了，可以试试用xtb跑下动力学看看是否可能有别的路径或是分步翻转。 |
大肥猫 发表于 2021-5-10 15:37 您好，我试了，您说的这个二面角的扫描明显是不合理的额。。  。 |
fatpig 发表于 2021-5-10 14:19 好的，我这就去试...谢谢，试完再来回帖 |
| 我打开Tsa.log一看，发现是-CH2翻转...可以试试-CH3翻转，简单地说就是把scan中的C4定在-CH3的C上... |
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