请问我用gmx h2order 算一个纯水体系中水分子的序参数结果合理吗

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发布时间: 2021-5-9 19:53

请问各位老师我用gmx h2order -f md.xtc -s md.tpr -n order.ndx这个命令算一个纯水盒子中水分子的序参数得到的这个图合理吗？横纵坐标分别表示什么意思呢？这个序参数的数值范围是多少？是数值越大表示水分子越有序 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-5-26 04:58:38

duzy 发表于 2024-5-25 15:47
请问老师，为什么我不加电场时统计出来的cosine值也十分接近于0呢？

先看轨迹，如果水的朝向是随机的，说明没正确理解结果或者统计命令不对

duzy 发表于 Post on 2024-5-25 15:47:57

sobereva 发表于 2021-5-10 03:37
参考

请问老师，为什么我不加电场时统计出来的cosine值也十分接近于0呢？

sobereva 发表于 Post on 2021-5-10 03:37:04

参考我讲的北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里的ppt：

上图是对水盒子x方向加电场的轨迹的统计结果

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