fhh2626 发表于 2021-5-16 17:27
建议你从基础开始学起，一口吃不成胖子

平均力势是一维自由能曲线的同义词

您好，请问一下cp2k输出的shake 因子单位是什么呀，积分后得到的势能面如何转换成 kJ/mol 单位呢？

动力学 发表于 2021-9-18 22:08
你好，那PMF曲线指的是自由能G的变化曲线，还是▲G的变化曲线呀。

您好，我想请教以下，您的这个问题解决了吗？

sun666 发表于 2021-5-23 23:28
谢谢您我看了一下课本总结了一下在两张图上
伞状采样是计算PMF的一种方法，通过PMF可以得到在反应坐标上 ...

您好请问这是那本书上的内容啊，想学习一下

动力学 发表于 2022-12-28 18:05
指的是△G

好的，谢谢

熊小熊 发表于 2022-12-7 20:42
您好，我想请教以下，您的这个问题解决了吗？

指的是△G

动力学 发表于 2021-9-18 22:08
你好，那PMF曲线指的是自由能G的变化曲线，还是▲G的变化曲线呀。

您好，我想请教以下，您的这个问题解决了吗？

好 我现在只有16核的cpu。。

Kamala 发表于 2022-1-4 21:15
请问 用伞形取样来计算pmf 计算机性能有要求吗，至少要达到什么要求

至少能跑得动MD

fhh2626 发表于 2021-5-19 12:38
说了让你静下心来从头看书，不要去搜网上的中文资料

自由能曲线/面：

请问 用伞形取样来计算pmf 计算机性能有要求吗，至少要达到什么要求

fhh2626 发表于 2021-5-16 17:27
建议你从基础开始学起，一口吃不成胖子

平均力势是一维自由能曲线的同义词

你好，那PMF曲线指的是自由能G的变化曲线，还是▲G的变化曲线呀。

sun666 发表于 2021-5-18 21:45
谢谢您，我查找了一些资料。总结如下：
“PMF（Potential of mean force）：自由能势能面，即将反应坐标 ...

然而，二者有本质不同：自由能与∂U(λ)/∂λ存在积分关系，然而自由能对反应坐标没有任何的直接关系。这也正是两大类方法的分水岭”


自由能对反应坐标的导数就是ABF方法中的平均力

sun666 发表于 2021-5-18 21:45
谢谢您，我查找了一些资料。总结如下：
“PMF（Potential of mean force）：自由能势能面，即将反应坐标 ...

说了让你静下心来从头看书，不要去搜网上的中文资料

自由能曲线/面：
可以采用多个几何变量（比如距离）描述体系的状态，这些几何变量叫做反应坐标，体系自由能沿反应坐标的相对变化叫自由能曲线/面。PMF是一维自由能曲线的特例

伞状采样属于增强采样方法下的重要性采样分支，重要性采样算法增强沿给定反应坐标方向上的采样，属于重要性采样的方法还有ABF，metadynamics，TAMD等等，你说的对平均力积分是ABF方法的estimator

自由能微扰、热力学积分和hyperdynamics属于alchemistry类方法

sun666 发表于 2021-5-18 21:45
谢谢您，我查找了一些资料。总结如下：
“PMF（Potential of mean force）：自由能势能面，即将反应坐标 ...

哎……

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/wcms.66