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关于使用GFN0-xTB 跑MD无法采样到能量低点的问题

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发布时间: 2021-5-17 12:46

正文摘要:

本帖最后由 乘风万里 于 2021-5-17 13:26 编辑 最近,按照sob老师的这个 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 教程,用MD去做一个分子的构象搜索。 分子如图所示: 3. 怀疑 ...

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乘风万里 发表于 Post on 2021-5-17 20:30:34
sobereva 发表于 2021-5-17 16:33
1 对于成键方式典型的可以。对于含有特殊电子结构、不常见的官能团的情况慎用。
2 做个势能面扫描可以搞清 ...

谢谢Sob老师指导,我会好好调研一下您给的建议。
sobereva 发表于 Post on 2021-5-17 16:33:14
1 对于成键方式典型的可以。对于含有特殊电子结构、不常见的官能团的情况慎用。
2 做个势能面扫描可以搞清楚原因
3 一般来说我更建议用下文的方法,更能保证采样充分
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
4 温度太高会造成动力学不稳定,甚至出现异构化,而且容有更高概率采样偏离平衡结构甚巨的势能面区域(到时候优化需要更多步数收敛)

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