求助关于-O2•自由基建模电荷设置问题

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发布时间: 2021-5-21 10:21

我想建立-O2•自由基建模，我看网上说MS中的charge可以设置电荷数量，但是又看到好多人说，不能单独给某个原子电荷，只能给整体电荷，我如果直接这样直接设置电荷合理么？新手请大家多多指教。

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永华唐 发表于 Post on 2021-6-2 21:28:08

喵星大佬发表于 2021-5-21 12:00
带点体系建议用抗衡离子

模型的抗衡离子一般怎么选择去加呢？这里我加入那种离子比较合适呢？

永华唐 发表于 Post on 2021-5-21 18:10:42

sobereva 发表于 2021-5-21 17:24
对单个原子设charge只影响基于原子电荷算静电作用的分子力场的计算结果，第一性、量化计算结果不受此影响

老师，您觉得这样建一个自由基体系合理么？

sobereva 发表于 Post on 2021-5-21 17:24:12

对单个原子设charge只影响基于原子电荷算静电作用的分子力场的计算结果，第一性、量化计算结果不受此影响

永华唐 发表于 Post on 2021-5-21 14:31:07

skiry 发表于 2021-5-21 10:55
额，我只知道，ms点一下原子，在左下角的properties那里可以修改单原子的charge，但是能否达到你的要求就 ...

这个和我说的应该差不多，我就是不敢确定这么直接加电荷合不合适

永华唐 发表于 Post on 2021-5-21 14:30:12

喵星大佬发表于 2021-5-21 12:00
带点体系建议用抗衡离子

我这个是磷酸缓冲液7.4我如果加抗衡离子，就手动添加一个钠离子吗？

喵星大佬 发表于 Post on 2021-5-21 12:00:34

带点体系建议用抗衡离子

skiry 发表于 Post on 2021-5-21 10:55:27

额，我只知道，ms点一下原子，在左下角的properties那里可以修改单原子的charge，但是能否达到你的要求就不清楚了，没有计算过带电体系

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