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求助：关于模拟蛋白质变性的问题

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wwl

发布时间: 2021-5-21 16:50

正文摘要:

各位大佬老师好，我想请教一个关于蛋白质在一定温度下发生变性的动力学模拟的问题。我是第一次做蛋白质模拟的，在模拟前我看了关于这方面的一些文献，粗浅的表达一下我个人的一点看法（刚学习计算模拟的新手，若有错 ...

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wwl 发表于 Post on 2021-5-24 17:10:39

sobereva 发表于 2021-5-22 17:00
amber03已经过时了
如果用AMBER程序，用最新的AMBER19SB。如果用GROMACS，可以用AMBER14SB、CHARMM36m等 ...

嗯嗯，谢谢sob老师的指点

sobereva 发表于 Post on 2021-5-22 17:00:50

wwl 发表于 2021-5-21 17:44
嗯，非常感谢sob老师的回复。我使用的是amber03的力场。我不知道这个力场是不是合适的，如果不合适，应该 ...

amber03已经过时了
如果用AMBER程序，用最新的AMBER19SB。如果用GROMACS，可以用AMBER14SB、CHARMM36m等

所以说让你先看看相关的研究文章，了解这类问题模拟条件的设置、理应出现的现象等等

wwl 发表于 Post on 2021-5-21 17:44:19

sobereva 发表于 2021-5-21 17:33
根本扯不到什么量子动力学，要么是那个人胡说八道，要么是你理解错了

用GROMACS结合恰当的力场就完全没 ...

嗯，非常感谢sob老师的回复。我使用的是amber03的力场。我不知道这个力场是不是合适的，如果不合适，应该采用什么样的力场呢？
此外，我得到的RMSD值太低了，按理说它的值应该是比较高才对，我不知道是力场的原因还是我mdp文件设置的原因。@sobereva

sobereva 发表于 Post on 2021-5-21 17:33:44

根本扯不到什么量子动力学，要么是那个人胡说八道，要么是你理解错了

用GROMACS结合恰当的力场就完全没问题

跟comm-grps消除蛋白整体运动毫无直接关系，无论MD过程中是否消除，你计算RMSD前总是要先align，还是等于消了整体运动

结合dssp、stride程序给出的二级结构变化图也可以判断变性的情况

始终不要忘了要肉眼看轨迹，这是最直观的

MD模拟变性问题的文章并不少，没找到肯定是你搜索方式不对（最近还看到有一篇，找不到了）。看看别人做的时候模拟条件、模拟时间尺度都是什么样的。

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