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求助VASP计算吸附能中关于带电体系的问题

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发布时间: 2021-5-23 19:17

正文摘要:

各位老师好,新手求助。 体系是CoN4-graphene and graphitic N doped graphene吸附PMS 第一遍算的时候没考虑忘记了PMS带电的问题,不同吸附结构算出来吸附能是-2.6~-2.3eV ,反而与文献-2.43eV的结果相近。 然 ...

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零晨心雨 发表于 Post on 2025-6-19 19:02:11
wzkchem5 发表于 2025-6-19 10:54
可以
理想情况下需要靠构型搜索确定离子的位置。但如果由文献或化学常识可以确定氯离子的吸附位点,那么 ...

感谢您的回复!如果加入抗衡离子来计算吸附能,在后续计算时,Eads = EAB-EA-EB 这个公式该怎么用呢?是否为:A是带点离子(Cl离子)+抗衡离子(Na离子),B是吸附剂?
wzkchem5 发表于 Post on 2025-6-19 10:54:51
零晨心雨 发表于 2025-6-19 10:44
老师您好,我的体系吸附的是Cl离子,请问可以添加Na离子进行处理吗?如何放置钠离子与氯离子的位置?

可以
理想情况下需要靠构型搜索确定离子的位置。但如果由文献或化学常识可以确定氯离子的吸附位点,那么也可以不对氯离子做构型搜索,否则需要搜索;钠离子同理
零晨心雨 发表于 Post on 2025-6-19 10:50:39
博主您好,请问您最后是如何处理吸附带点离子的问题?
零晨心雨 发表于 Post on 2025-6-19 10:44:50
wzkchem5 发表于 2024-4-24 16:54
单独加离子,离子和有机小分子之间的距离不能太近,不要让有机小分子和离子成键(否则就不叫惰性了)。
...

老师您好,我的体系吸附的是Cl离子,请问可以添加Na离子进行处理吗?如何放置钠离子与氯离子的位置?
不吃香菜 发表于 Post on 2025-6-5 16:41:44
汪杰 发表于 2025-6-4 21:04
后面有老师回答了我这个问题,你可以参考一下

谢谢
汪杰 发表于 Post on 2025-6-4 21:04:41
不吃香菜 发表于 2025-6-3 20:34
请问有解决吗?遇到了类似的问题。

后面有老师回答了我这个问题,你可以参考一下
不吃香菜 发表于 Post on 2025-6-3 20:34:41
汪杰 发表于 2025-5-28 22:34
请问一下老师,抗衡离子的加入原则是什么呢?
我的理解是,直接将原子放入远离slab的真空层里面去,但是 ...

请问有解决吗?遇到了类似的问题。
streamlet 发表于 Post on 2025-5-29 06:48:05
wzkchem5 发表于 2021-5-26 01:52
你研究的是溶液里的吸附吗?如果是的话,加惰性的抗衡离子把电荷配平就行了

老师,想问一下,用vasp算吸附加抗衡离子的情况,是需要使用vaspsol吗?
汪杰 发表于 Post on 2025-5-28 22:34:01
wzkchem5 发表于 2025-3-24 12:40
如果要用周期性边界条件程序,中和体系电荷、让体系总电荷为0的优先级是非常高的,即使不管加什么抗衡离 ...

请问一下老师,抗衡离子的加入原则是什么呢?
我的理解是,直接将原子放入远离slab的真空层里面去,但是这样的话,这个原子似乎没法体现离子性质。
或者是放在slab的背面,与slab有作用。
请老师解惑,感谢!
vasp冲冲 发表于 Post on 2025-5-7 20:38:26
wzkchem5 发表于 2025-3-24 12:40
如果要用周期性边界条件程序,中和体系电荷、让体系总电荷为0的优先级是非常高的,即使不管加什么抗衡离 ...

大佬有没有相关文献发个一两篇
streamlet 发表于 Post on 2025-5-7 19:03:16
莫菲特 发表于 2025-3-26 15:53
谢谢您,另外我想请教一下,如果添加抗衡离子,是否需要将其固定,因为体系中slab距吸附物质2埃,而抗衡 ...

同问,楼主解决了吗?
莫菲特 发表于 Post on 2025-3-26 15:53:20
wzkchem5 发表于 2025-3-24 12:40
如果要用周期性边界条件程序,中和体系电荷、让体系总电荷为0的优先级是非常高的,即使不管加什么抗衡离 ...

谢谢您,另外我想请教一下,如果添加抗衡离子,是否需要将其固定,因为体系中slab距吸附物质2埃,而抗衡离子距吸附物4埃,但是通过CONTCAR发现添加的抗衡离子与吸附物还有不断靠近趋势,应该加大距离或者说将其固定?
wzkchem5 发表于 Post on 2025-3-24 12:40:28
莫菲特 发表于 2025-3-24 09:37
请问如果不是有机小分子,而是含氧酸根这类的,能否按您说的添加惰性抗衡离子

如果要用周期性边界条件程序,中和体系电荷、让体系总电荷为0的优先级是非常高的,即使不管加什么抗衡离子都会和体系已有的离子配位,也不能不加抗衡离子
莫菲特 发表于 Post on 2025-3-24 09:37:42
wzkchem5 发表于 2024-4-24 16:54
单独加离子,离子和有机小分子之间的距离不能太近,不要让有机小分子和离子成键(否则就不叫惰性了)。
...

请问如果不是有机小分子,而是含氧酸根这类的,能否按您说的添加惰性抗衡离子

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