sobereva 发表于 2021-6-4 06:12
可能是你给的图片视角容易让人误会。如果你在VMD里把周期镜像显示出来，看到石墨烯与其镜像是紧密衔接的 ...

sob老师，您好！
我查看了一下，能够周期性显示。我在另一个贴询问了如何使石墨烯变得刚性，我改变一下力常数试一下，老师有建议的参数吗？

我使用了半各项同性控压，但是z方向波动得太厉害了。
图片我开了一个新帖回复。
谢谢老师的解答！

liuxdhs 发表于 2021-6-3 21:25
sob老师，您好！非常感谢老师您的耐心回答。
关于第一个问题，我是希望石墨烯是无限延展的，在建模的时 ...

可能是你给的图片视角容易让人误会。如果你在VMD里把周期镜像显示出来，看到石墨烯与其镜像是紧密衔接的那就没问题。

记得用半各项同性空压

sobereva 发表于 2021-6-1 15:56
1 不需要解决。
如果你想模拟的石墨烯是无限延展的，则说明没有跨越盒子成键成为周期性分子，是拓扑文件或 ...

sob老师，您好！非常感谢老师您的耐心回答。
关于第一个问题，我是希望石墨烯是无限延展的，在建模的时候已经设置了盒子的尺寸，在vmd中也用vdw观察，能够保证无限延展。并且在mdp文件中表明了periodic-molecules=yes。
而至于没有跨越盒子成键成为周期性分子，这个是不是因为做了em呢？我将做完em后的gro文件在vmd中看，发现，没有一开始建模过程中那么连续。因为做完em后石墨烯会起伏，而一开始有保证是周期性分子，所以我个人觉得是正常的。不知道sob老师怎么认为呢？
拓扑文件使用gmx x2top -f gra.gro -o gra.top -ff oplsaa -pbc -name graphene -kb 400000 -kt 600 -kp 150生成。在oplsaa中增加了n2t文件。
mdp是使用npt，使用sob老师给的mdp模板。
关于第二点，一开始的温度就从378K开始，压力控制在180bar。
再次叨扰，感谢老师。

1 不需要解决。
如果你想模拟的石墨烯是无限延展的，则说明没有跨越盒子成键成为周期性分子，是拓扑文件或mdp设置不当

2 没细节不好说，也许温度不合适

3 对体系细节我不清楚，不好回答

4 tau-p大则控压效果弱，盒子波动程度没那么剧烈。tau-p较小可能导致盒子尺寸变化剧烈，相应地原子坐标被较大幅度地scale，容易导致LINCS约束算法没法正常约束而报错