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求助小分子限制势MD模拟无法正常运行

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TDHFjiang

发布时间: 2021-5-25 20:15

正文摘要:

本帖最后由 TDHFjiang 于 2021-5-25 22:06 编辑各位好，初次使用GMX，希望各位帮忙~~~也麻烦Sob老师帮忙看一下，感谢~~~请教一下，小分子是从ATB官网下载的， itp以及力场参数是提供的，其中力场参数gromos54a7_ ...

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TDHFjiang 发表于 Post on 2021-5-26 09:29:26

牧生发表于 2021-5-25 21:34
top里面是有必要include bh-atb.itp的

感谢，经楼下老师提醒，是top文件有问题，准备手动修改小分子top文件

ggdh 发表于 Post on 2021-5-25 22:05:42

top文件有问题。这个分子应该有42个键长。 120个键角，但是itp文件中的数量严重不足。

牧生 发表于 Post on 2021-5-25 21:34:54

TDHFjiang 发表于 2021-5-25 21:28
是不是不需要include .itp 文件，gromos54a7_atb.ff/ffnonbonded.itp 好像有相应的参数

top里面是有必要include bh-atb.itp的

TDHFjiang 发表于 Post on 2021-5-25 21:28:39

是不是不需要include .itp 文件，gromos54a7_atb.ff/ffnonbonded.itp 好像有相应的参数

牧生 发表于 Post on 2021-5-25 21:28:28

本帖最后由牧生于 2021-5-25 21:34 编辑

2. 生成限制势，将bh.gro 限制住
gmx genrestr -f bh.gro -o posre_bh.itp
。。。。。。
。。。。。。
6. （因为能量极小化后，溶质bh.gro 跑散了，我就不跑能量极小化了）

我做表面活性剂在水中的状态，从来没有加限制。
能量极小化过程，也从来没有溶质跑散的现象。
温度就直接设置为300K，没有做过退火过程。

我的一般操作是
①gmx editconf -f bh.pdb -box 3 3 3  -o bhbox.gro 直接用pdb生成盒子
②gmx solvate -cp bhbox.gro -cs spc216.gro -p bh.top -o mix.gro          添加溶剂spc216
③gmx grompp -f em.mdp -c mix.gro -p bh.top -o bha.tpr -maxwarn -1
gmx mdrun -deffnm bha -v    能量极小化    （2021.5.25 21:32，我做到了这一步，没有发现什么异常。剩下的步骤，应该你会做了）
④添加离子，再次能量极小化
⑤ MD

TDHFjiang 发表于 Post on 2021-5-25 20:27:01

sobereva 发表于 2021-5-25 20:25
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

感谢~

sobereva 发表于 Post on 2021-5-25 20:25:44

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“小分子限制势MD模拟-GROMACS”改了，以后务必注意

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