求助：VMD如何分析氢键占有率

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发布时间: 2021-5-27 14:46

我想选出单独的残基对之间的氢键的占有率不知道如何利用VMD设置比如129O：163N 或者163O：129N

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xking 发表于 Post on 2021-8-1 08:45:57

sobereva 发表于 2021-8-1 05:45
没有一刀切的标准，只不过体现氢键的稳定程度，阈值自己说了算。
但起码应该>75%才算氢键较稳定

多谢老师指导

sobereva 发表于 Post on 2021-8-1 05:45:04

xking 发表于 2021-7-31 23:18
sob老师，这个氢键占有率的值大概在什么范围，才算是存在氢键

没有一刀切的标准，只不过体现氢键的稳定程度，阈值自己说了算。
但起码应该>75%才算氢键较稳定

xking 发表于 Post on 2021-7-31 23:18:10

sobereva 发表于 2021-7-7 08:43
把VMD user guide里的脚本编写介绍和例子看了

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci. ...

sob老师，这个氢键占有率的值大概在什么范围，才算是存在氢键

xking 发表于 Post on 2021-7-7 16:38:30

sobereva 发表于 2021-7-7 08:43
把VMD user guide里的脚本编写介绍和例子看了

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci. ...

谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2021-7-7 08:43:07

把VMD user guide里的脚本编写介绍和例子看了

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里对VMD tcl脚本编写有深入全面系统的介绍并给出大量例子

xking 发表于 Post on 2021-7-6 19:30:50

sobereva 发表于 2021-5-28 03:38
自己写脚本，对特定的两个残基间measure hbond，循环不同的时间区段，根据里面存在氢键的帧数除以区段的总 ...

sob老师，有没有一些脚本的范例，我想照着模仿模仿，新手还不会写写脚本

sobereva 发表于 Post on 2021-5-28 03:38:14

自己写脚本，对特定的两个残基间measure hbond，循环不同的时间区段，根据里面存在氢键的帧数除以区段的总帧数得到这个区段的氢键占有率。不写脚本无法实现

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