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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 使用NAMD eneergy插件报错

使用NAMD eneergy插件报错

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发布时间: 2021-5-28 15:18

正文摘要:

我想算蛋白-RNA之间的非键相互作用，找到VMD的这个插件可以使用，于是首先我导入的一个蛋白和RNA的复合物轨迹，然后Extensions_----Analysis ---NAMD energy ,然后按照要求选择的蛋白质和核酸，参数文件和XSC文件也 ...

回复 Reply

violet 发表于 Post on 2021-5-29 12:22:27

fhh2626 发表于 2021-5-28 20:39
看提示好像是力场文件设置得不对

pair interaction见https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.14/ug/ ...

好的，非常感谢您，我再弄一弄

fhh2626 发表于 Post on 2021-5-28 20:39:57

violet 发表于 2021-5-28 15:57
首先非常感谢您的回复
我是使用的Linux系统的服务器，我安装了NAMD，我将其路径选择后仍旧报错，

看提示好像是力场文件设置得不对

pair interaction见https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.14/ug/node92.html
和https://ringo.ams.stonybrook.edu ... ergy_decompositions

fhh2626 发表于 Post on 2021-5-28 15:27:13

你要在本地安装NAMD，然后指定路径才能用
你也可以直接用NAMD的pair interaction功能

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