超算中心编译好的，我直接用的。  我试试重新编译。

wzx 发表于 2021-5-30 13:50
感谢两位老师解答，不过我设了export OMP_NUM_THREADS=4之后每节点还是只用了8核，像上图一样，且log文件里 ...

编译有没有开启openMP + MPI模式？

感谢两位老师解答，不过我设了export OMP_NUM_THREADS=4之后每节点还是只用了8核，像上图一样，且log文件里显示“Using 4 OpenMP threads per MPI process”。我就纳闷了，真的不知道为什么！

补充一下：
### 2 compute nodes
#SBATCH --nodes=2

### 4 MPI ranks
#SBATCH --ntasks=4

### 2 MPI ranks per node
#SBATCH --ntasks-per-node=2

### 3 tasks per MPI rank
#SBATCH --cpus-per-task=3

### the number of OpenMP threads
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
所以，以上的内容就是：
来两个节点；每个节点上运行两个进程，每一个进程由三个线程负载。
你会在nodeA和nodeB，
分别看到两个进程，每一个进程应该都是300%的CPU占用率。

这玩意，slurm手册上都有。

“#SBATCH --cpus-per-task=4”只是设置了一个上限，每个线程的CPU使用率最高可以到400%

可以在load了Gromacs之后加一个“export OMP_NUM_THREADS=4”, 看看能不能提高GMX线程的CPU使用率

google for slurm openMP

abin 发表于 2021-5-29 13:28
你自己看看 -N -n 啥意义不就明白了。

我是想每个节点用8个MPI进程，每个MPI进程用4核、OpenMP并行运行，请问该怎么设置？感谢老师了！

你自己看看 -N -n 啥意义不就明白了。