为什么用NPT系综盒子压扁了

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发布时间: 2021-5-31 16:00

这是我跑完1微秒之后某一帧的图像，就很疑惑为什么会出现这种情况。用NPT系综的话，我知道盒子大小是会发生些变化，但不至于变化这么大吧？下面是我跑md的参数： integrator ...

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退休老干部 发表于 Post on 2021-6-1 06:22:51

sobereva 发表于 2021-6-1 03:54
图看不清楚
应当把初始结构图也贴出来，并且MD前后的图把盒子边框都画出来

好的，谢谢大佬，我先去按你说的去试试

sobereva 发表于 Post on 2021-6-1 03:54:55

图看不清楚
应当把初始结构图也贴出来，并且MD前后的图把盒子边框都画出来

如果没有特殊情况，不要用半各项同性控压。如果当前就是个蛋白质在水里的模拟，没有任何理由不用常规的各项同性控压。而且在体系平衡之前，不要用PR压浴

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