虎王 发表于 2024-10-9 15:47
通过在TDDFT计算中，于命令行加入density指令，从而把目标激发态的电子密度存进chk吗？

仔细看下文。必须波函数文件里有对应激发态的自然轨道才行
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

最简单的做法，TDDFT的时候用out=wfn关键词产生wfn文件，里面会记录root指定的激发态的自然轨道，此wfn文件给Multiwfn用，做的分析就是对激发态波函数分析的

sobereva 发表于 2024-10-9 04:21
能得到相应激发态的电子密度即可分析

通过在TDDFT计算中，于命令行加入density指令，从而把目标激发态的电子密度存进chk吗？

赵云跳槽 发表于 2024-10-8 21:19
IRI-pi绘图，有两种着色方式
1.根据ρ着色
2.用sign(λ2)ρ着色

对

虎王 发表于 2024-10-8 23:15
IRI是否使用于分析第一激发三重态、第二激发三重态的分子间作用？

能得到相应激发态的电子密度即可分析

IRI是否使用于分析第一激发三重态、第二激发三重态的分子间作用？

IRI-pi绘图，有两种着色方式
1.根据ρ着色
2.用sign(λ2)ρ着色
两者都是主功能100, 1，前者是键入1,24，而后者键入15,24 ？不知道理解对不对？

pcw94121 发表于 2024-7-9 10:49
苯酚二聚体的等值面图
4  //绘制平面图
24  //IRI

分清楚半角和全角逗号

苯酚二聚体的等值面图
4  //绘制平面图
24  //IRI
1  //填色图
直接按回车  //使用默认的格点数
0  //设置体系向四周的延展距离（用于定义作图范围）
2  //2 Bohr
1  //XY平面
0  //Z=0
此时图像蹦出来了。在上面点右键关闭图像，然后输入下面的内容改进作图效果
8  //显示键
14  //棕色
19  //设置色彩变化方式
2  //Reversed rainbow
4  //设置原子标签颜色
1  //红色
1  //设置色彩刻度下限和上限
0,2
-1  //重新绘制
为什么我做到设置色彩刻度下限和上限输入0，2之后就闪退

今日更新的Multiwfn给IRI分析后处理菜单中加入了选项9 Screen out covalent bond regions (set IRI to 100 for regions with sign(lambda2)rho < -0.1 a.u.)。选了这个再导出格点数据、照常绘制IRI图后，共价键的区域就看不到了。相应地在本文3.1节末尾举了例子。

sobereva 发表于 2024-2-22 23:16
不同情况适合的分析方式不同，如果分子内相互作用看起来没显著差异，也可以考虑用刘述斌的能量分解，参考 ...

谢谢sob老师！

Melvin 发表于 2024-2-22 23:07
感谢sob老师的解答。是的，我就是看到了您最近的这篇讲解Nature Chemistry的博文学到了很多但产生的一点 ...

不同情况适合的分析方式不同，如果分子内相互作用看起来没显著差异，也可以考虑用刘述斌的能量分解，参考Multiwfn手册4.21.2节的例子和里面引用的相关文章

sobereva 发表于 2024-2-22 21:47
得把所有因素全都考虑进去，诸如静电吸引/排斥作用、位阻作用等等。如果牵扯到溶剂模型，诸如带显著电荷 ...

感谢sob老师的解答。是的，我就是看到了您最近的这篇讲解Nature Chemistry的博文学到了很多但产生的一点疑惑，您博文的案例中是IGMH分别对两个过渡态统计了相互作用说明能量差异。
我想详细再请教一下不同的地方是，如果是一个分子的两个构象，结构差别较大，比如气相条件下乙醚扭转120°C-O键优化后形成的不同构象，扭转后的结构虽然所有的共价作用一样但是静电/位阻/范德华作用都发生了变化，是不是没法像您博文里这个情况一样仅靠IGMH或IRI图很好的去说明呢？IGMH和IRI只能说明共价/位阻/范德华作用,因此还需要补充静电作用的分析？

Melvin 发表于 2024-2-22 20:55
想请教sob老师一个问题，比如研究十几个原子的有机分子的几个构象。用IRI看有些构象只有共价作用，有些构象 ...

得把所有因素全都考虑进去，诸如静电吸引/排斥作用、位阻作用等等。如果牵扯到溶剂模型，诸如带显著电荷部分是露在外面还是包埋在里面还会对溶解自由能有很大影响。
例如下面这篇文章在讨论片段间作用能的时候就把不同因素做了对比分析
直观解释分子间相互作用如何影响不对称催化：Nature Chemistry上一个很好的IGMH分析范例
http://sobereva.com/700（http://bbs.keinsci.com/thread-43122-1-1.html）

想请教sob老师一个问题，比如研究十几个原子的有机分子的几个构象。用IRI看有些构象只有共价作用，有些构象分子内还存在范德华作用，但是存在范德华作用的构象是不是也不一定是最低能的构象，是否能用IRI说明或者解释不同构象之间能量差异的原因呢？

xptracy 发表于 2023-6-3 13:25
请问下vmd画IRI，导出pdb的时候，出现libpng warning: iCCP: known incorrect sRGB profile，导不出pdb是什 ...

没见过。重启VMD重新操作一遍再试，或者把保存路径设到诸如D盘再试