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求助:振动分析出现No(或虚频),热力学校正量能否使用?

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发布时间: 2021-6-1 17:05

正文摘要:

本帖最后由 jimulation 于 2021-6-1 18:29 编辑 一个带正电的团簇,想优化其结构并通过振动分析获得自由能的校正量,用的级别是B3LYP-D3/TZVP,自定义的隐式溶剂模型。

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wzkchem5 发表于 Post on 2021-6-2 16:24:47
granvia 发表于 2021-6-2 05:56
如果虚频很小,而且多次尝试结果对其它实振动的频率(尤其低频)影响不大,那么应该没太大问题

如果只算零点能校正、内能、焓,这样可以。算Gibbs自由能不能随便忽略虚频。如果反应物和产物的虚频总数不同,虚频数量每差一个,会对自由能引入1~2kcal/mol的误差
喵星大佬 发表于 Post on 2021-6-2 15:45:13
granvia 发表于 2021-6-2 12:56
如果虚频很小,而且多次尝试结果对其它实振动的频率(尤其低频)影响不大,那么应该没太大问题

某些其他软件中确实可能存在无法消除的虚频,至少在高斯中是不应该留虚频的
jimulation 发表于 Post on 2021-6-2 13:40:44
北大-陶豫 发表于 2021-6-2 13:37
你这些乙二醇二甲醚又没有首尾相连成为环状,整个分子应该是有一定柔性的吧。力收敛了位移没收敛也正常,应 ...

对的,是三个乙二醇二甲醚分子。多谢解答
北大-陶豫 发表于 Post on 2021-6-2 13:37:31
你这些乙二醇二甲醚又没有首尾相连成为环状,整个分子应该是有一定柔性的吧。力收敛了位移没收敛也正常,应该问题不大。
jimulation 发表于 Post on 2021-6-2 13:04:12
granvia 发表于 2021-6-2 12:56
如果虚频很小,而且多次尝试结果对其它实振动的频率(尤其低频)影响不大,那么应该没太大问题

受教了,谢谢解答
granvia 发表于 Post on 2021-6-2 12:56:13
如果虚频很小,而且多次尝试结果对其它实振动的频率(尤其低频)影响不大,那么应该没太大问题
jimulation 发表于 Post on 2021-6-2 09:17:54
卡开发发 发表于 2021-6-2 00:10
优化能达到4个yes的情况,loose修改没有意义,loose只会让计算停止到更粗糙的的结果,反而应该使用更严格的 ...

谢谢回复 确实发现在采用loose的所有任务中,无一例外都出现了虚频。但是采用tight则会出现力收敛了但位移始终无法收敛的情况。我用的是G16,积分网格精度应该默认是ultrafine了。sas选项回头我试下
jimulation 发表于 Post on 2021-6-2 09:11:29
喵星大佬 发表于 2021-6-1 21:33
看着没什么问题,几乎是重合的,可能是溶剂模型计算过程中表面不连续造成的,包括优化过程中的能量大幅上升 ...

谢谢,我试试看 请问‘会低估溶剂化能’是什么含义呢,后续单点和溶解自由能计算是在其他级别下进行的,如果只是用来获取热力学校正量,加或不加surface=sas会有很大区别吗?看论坛里对sas这个选项的讨论不多。
卡开发发 发表于 Post on 2021-6-2 00:10:08
优化能达到4个yes的情况,loose修改没有意义,loose只会让计算停止到更粗糙的的结果,反而应该使用更严格的标准。是否使用calcall的主要的差异是Hessian矩阵处理的方式不一样,calcall用的是精确的,反之则是采用近似更新的方式,一定程度上还是有可能会影响到优化过程。

除了楼上提到的溶剂化的问题,也许积分网格精度也有调整余地。
喵星大佬 发表于 Post on 2021-6-1 21:33:11
看着没什么问题,几乎是重合的,可能是溶剂模型计算过程中表面不连续造成的,包括优化过程中的能量大幅上升可能也与此有关。尝试在优化过程中使用surface=sas看看,会低估溶剂化能,不过这时候溶剂化表面是连续的,可以试一下。

202106012131434112..png (84.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

202106012131434112..png
jimulation 发表于 Post on 2021-6-1 18:34:12
喵星大佬 发表于 2021-6-1 17:50
你都calcall了还freq干嘛,而且你应该给的是输出文件而不是gjf文件啊。

谢谢大佬回复 之前不知道,于是calcall和freq一起用了,然后看到结果和博文不一致,不太明白为何Yes还会变成No。输出文件po在下面了,有劳指点一下

输出文件.rar (1.84 MB, 下载次数 Times of downloads: 3)

喵星大佬 发表于 Post on 2021-6-1 17:50:49
本帖最后由 喵星大佬 于 2021-6-1 17:53 编辑

你都calcall了还freq干嘛,而且你应该给的是输出文件而不是gjf文件啊。

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