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求助：请问文献上溶剂化层随时间的衰减曲线怎么得到的

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邱美佳

发布时间: 2021-6-2 14:24

正文摘要:

请问，文献上用gromacs算出的离子周围第一溶剂化层的停留时间曲线是怎么得到的？

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conanatm 发表于 Post on 2021-6-3 20:54:13

邱美佳发表于 2021-6-3 13:43
你好，请问gromacs如何计算自相关函数呢？

这个可能要自己写脚本。我不清楚GROMACS自带的自相关函数分析程序能不能处理这种数据。

邱美佳 发表于 Post on 2021-6-3 13:43:46

conanatm 发表于 2021-6-2 22:14
需要写一个脚本记录每一时刻离子配位层内的溶剂分子，之后计算自相关函数并使用指数衰减函数拟合。
参考： ...

你好，请问gromacs如何计算自相关函数呢？

conanatm 发表于 Post on 2021-6-2 22:14:55

需要写一个脚本记录每一时刻离子配位层内的溶剂分子，之后计算自相关函数并使用指数衰减函数拟合。
参考：Impey, R. W., Madden, P. A., & McDonald, I. R. (1983). Hydration and mobility of ions in solution. The Journal of Physical Chemistry, 87(25), 5071-5083.

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