gromacs 跑完md后 rmsd图分析问题，中间有一段时间的rmsd突然变化很大

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发布时间: 2021-6-3 14:58

我在进行了50ns的md后，也使用了trjconv -pbc nojump 修复了轨迹文件，计算rmsd值选择的是骨架和小分子配体，但是中间20ns和30ns的时候出现了图中的这种波动，能帮我分析一下问题出现在哪里？

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sobereva 发表于 Post on 2021-6-4 09:09:18

凡是RMSD看着有异常的情况一律用VMD看轨迹弄清楚是什么导致的

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