zjxitcc 发表于 2021-6-4 15:03 感谢！试了下脚本这样没问题了！~ |
hebrewsnabla 发表于 2021-6-4 15:24 谢谢谢谢！确实是这样，可以用了~ |
Kikyou 发表于 2021-6-4 10:45 alias大概不行。我比较喜欢先设置环境变量 export ORCA=/xxx/ORCA421/orca 然后提交的时候用$ORCA代替orca |
Kikyou 发表于 2021-6-4 10:45 你想这样的话，估计得写一个xxx.sh脚本文件，里面内容是 #BSUB核数指定 （具体指令请看超算中心给你的LSF使用手册，里面会有说明） #BSUB内存指定 alias orca='/home/chem/theochem/kikyou/Software/ORCA421/orca' orca test.inp > test.out 外面用命令bsub xxx.sh提交任务。当然，ORCA输入文件里仍应写上合适的内存和核数。 |
hebrewsnabla 发表于 2021-6-3 15:18 老师感谢您的答复！现在是可以正常输出了！ 另外我还想请教一下，bsub -q fuyao -n 4 "/home/chem/theochem/kikyou/Software/ORCA421/orca test.inp > test.out" 这个指令是可以正常输出的，但是我按Sob老师教程在~/.bashrc文件里加上alias orca='/home/chem/theochem/kikyou/Software/ORCA421/orca'，希望用orca代替路径，用bsub -q fuyao -n 4 "orca test.inp > test.out"指令提交，结果报错让我提供完整路径 !!! ERROR (ORCA_MAIN): For parallel runs !!! !!! ORCA has to be called with full pathname !!! [file orca_tools/qcsys.cpp, line 41]: 不知道是不是哪里出问题了？ |
Kikyou 发表于 2021-6-3 15:51 老师感谢您的答复！现在是可以正常输出了！ |
hebrewsnabla 发表于 2021-6-3 15:18 好的我试试！谢谢！~ |
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本帖最后由 hebrewsnabla 于 2021-6-3 15:21 编辑 加一对双引号试试，例如 bsub -q xxx -n xxx “/xxx/orca xxx.inp > xxx.out” 不加引号的话，bsub会以为> out是bsub的输出而不是orca的输出。如果要同时记录bsub的输出，可以用 bsub -q xxx -n xxx -o xxx “/xxx/orca xxx.inp > xxx.out” |
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