大佬您好，我目前是一名gromacs小白，想用二价铁离子和铁蛋白跑gromacs，想和您请教下相关操作。

Frozen-Penguin 发表于 2022-6-27 21:08
不是，最后一行是最后一帧的rmsd

好的，谢谢您！请问我想要得到平均rmsd是需要自己去拟合吗

xingbb 发表于 2022-6-27 21:03
请问各位老师，模拟体系的平均RMSD值，是否就是得到的rmsd.xvg文件最后一行的数值呢？

不是，最后一行是最后一帧的rmsd

请问各位老师，模拟体系的平均RMSD值，是否就是得到的rmsd.xvg文件最后一行的数值呢？

sobereva 发表于 2021-6-5 10:15
我不知道你说的设置是什么
看轨迹，根据基本常识解释计算出的和结构有关的数据

好的，我再查考一下看看

yuanen 发表于 2021-6-4 09:40
感谢回答 也就是说关于有机小分子的波动可以暂时看做是合理的，我现在就是直接做的金属与有机分子的配合 ...

我不知道你说的设置是什么
看轨迹，根据基本常识解释计算出的和结构有关的数据

sobereva 发表于 2021-6-4 09:12
哪怕是刚性有机小分子，由于热运动，结构自然也会有波动。在VMD里对小分子做align，把多帧同时显示出来就可 ...

感谢回答 也就是说关于有机小分子的波动可以暂时看做是合理的，我现在就是直接做的金属与有机分子的配合物这种所以才有这样的疑惑，是缺少什么设置吗？

panernie 发表于 2021-6-3 19:20
你的体系没有说清楚。如果你的体系为多个一种小分子，想研究它在某金属溶液（确定金属的浓度）中与某金属的 ...

感谢回答，现在只是一个有机分子和一个金属离子在水模型下跑MD，我是通过直接将金属离子摆放在可能的结合位点，通过观察轨迹文件我发现金属离子与有机小分子是同步移动的。
关于对金属做约束，是什么约束？

哪怕是刚性有机小分子，由于热运动，结构自然也会有波动。在VMD里对小分子做align，把多帧同时显示出来就可以清楚地看出小分子的波动情况，比看RMSD直观得多

“有机小分子和金属写在一个组内整体的RMSD”这没有意义，本来金属就可以在小分子附近倒处晃悠。除非你是指配合物那种金属和配体位置关系保持固定的情况。

你的体系没有说清楚。如果你的体系为多个一种小分子，想研究它在某金属溶液（确定金属的浓度）中与某金属的结合情况。你可以测金属在小分子周围分布的径向函数。在MD中，如果没有对金属做约束，那么这个离子很显然是个自由移动状态。