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使用CP2K进行过渡态计算经验[dimer篇]

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djjj148

发布时间: 2021-6-3 19:28

正文摘要:

本帖最后由 djjj148 于 2021-6-4 15:03 编辑 1. 前言说到过渡态计算，很多人可能会更倾向于用VASP，QE，但是速度慢是硬伤，且对于大体系更是太吃资源。相比之下，CP2K免费，速度极快。撰写本文的初衷即是想让 ...

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lao7 发表于 Post on 2024-8-13 21:31:19

请教楼主：我看到您制作了初始文件和过渡态两个文件，如果仅仅用初始文件，稍微摆弄其接近过渡态是否可以？我的意思输入文件只有一个初始文件，而无过渡态文件。因为这个cp2k输入文件太复杂，用multiwfn只能生成包含一个结构的dimer计算文件。

maoxinxina 发表于 Post on 2024-6-7 09:30:06

DIMER计算结束后，跑个频率计算即可(该固定的原子记得固定)。可以直接用Multiwfn处理cp2k-1.restart生成频率计算的inp文件. 想问下计算结束后，不应该是跑最后一步的如cp2k-1_182.restart么。固定的原子应该是哪些呢。

maoxinxina 发表于 Post on 2024-6-3 16:27:27

在运行dcc的时候报错dimer/dcc: 37: dimmode.pl: not found

djjj148 发表于 Post on 2023-9-8 18:53:44

joke122 发表于 2023-9-8 10:01
楼主请问一下，vtst脚本是可以单独使用还是必须和vasp绑定使用？

前者

joke122 发表于 Post on 2023-9-8 10:01:15

楼主请问一下，vtst脚本是可以单独使用还是必须和vasp绑定使用？

lao7 发表于 Post on 2023-7-11 07:16:01

楼主，看到你的帖子受益匪浅！请问，如果过渡态计算完了，想做一个类似于高斯的scan，这个能做吗？那是怎么扫描呢？

sedmond 发表于 Post on 2023-3-11 23:37:27

sobereva 发表于 2023-2-13 06:00
可以自己用TS相邻的两个点的结构求差，这近似对应于TS位置的反应路径的方向

社长这个思路更贴合一些，楼主用的初态和终态获取vector，感觉是下猛药。另外，装了anaconda 1.11.0后（内置python3.9.13, perl 5.26.3），采用附件里提供的dcc时（想看初猜结合向量的效果），一直出现报错（/usr/bin/env: 'perl\r': Not a directory）。尝试采用”dos2unix *“，问题依旧，不知道大家有没有遇到这个情况。

sobereva 发表于 Post on 2023-2-13 06:00:17

Riszzz 发表于 2021-10-14 10:19
您好，请问如果想通过CI-NEB和dimer结合的方法的话，DIMER_VECTOR文件该怎么设置呀

可以自己用TS相邻的两个点的结构求差，这近似对应于TS位置的反应路径的方向

sobereva 发表于 Post on 2023-2-13 05:52:20

h840473807 发表于 2022-12-1 23:37
请问CP2K能实现始末态晶胞参数不同的过渡态搜索吗,如果可以的话怎样载入始末态的晶胞参数呢?

原理上不行。变胞优化是专门的CELL_OPT任务，dimer所属的GEO_OPT任务不考虑变胞
但也可以考虑对前后结构取中点结构和晶胞参数去用dimer搜索过渡态结构当个近似，然后可以再冻结反应部分的原子做变胞优化，反复弄几个来回直到收敛

sobereva 发表于 Post on 2023-2-13 05:41:55

qzm 发表于 2023-1-10 16:14
你好，我是CP2K新手，看了您的博文，想问下如何
使用脚本 cif2pos
生成POSCAR文件和CP2K的结构输入文件c ...

Multiwfn载入cif文件，主功能100的子功能2就能导出POSCAR
按下文就能产生CP2K输入文件，如果你想把坐标部分抠出来单独弄个文件就自己抠
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

qzm 发表于 Post on 2023-1-10 16:14:24

你好，我是CP2K新手，看了您的博文，想问下如何
使用脚本 cif2pos
生成POSCAR文件和CP2K的结构输入文件coord.inc。

h840473807 发表于 Post on 2022-12-1 23:37:59

请问CP2K能实现始末态晶胞参数不同的过渡态搜索吗,如果可以的话怎样载入始末态的晶胞参数呢?

planet5460 发表于 Post on 2022-11-10 03:27:27

有点复杂哈，其实只要化学直觉较好，给出一个比较合适的初猜，基于这个初猜计算频率（固定住大多数原子，只放开参与反应的原子），然后选择虚频中需要的振动模式，保存为dimer_VECTOR即可。

bblovelp 发表于 Post on 2022-5-16 12:59:54

用DIMER计算了NiPd金属吸附解离氧气的过渡态，用30个核跑了3天才跑了14次迭代，感觉已经绝望！！

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