wzkchem5 发表于 2021-6-4 15:55
对，并且水分子的氧原子朝着Ca的方向，Ca-O键长在一般Ca离子水合物的范围内，就行了

好的，谢谢老师

雪见容馥 发表于 2021-6-4 08:00
是不是可以这样理解，假如Ca和有机物配位后还剩三个位点，就给Ca旁边放三个水分子？

对，并且水分子的氧原子朝着Ca的方向，Ca-O键长在一般Ca离子水合物的范围内，就行了

wzkchem5 发表于 2021-6-4 14:43
比如你的溶剂是水，你必须用足够多的水分子，把Ca的所有配位点都配位

是不是可以这样理解，假如Ca和有机物配位后还剩三个位点，就给Ca旁边放三个水分子？

雪见容馥 发表于 2021-6-4 01:45
谢谢老师，之前没有化学基础才刚刚开始学，外面用了隐式溶剂模型，Ca的第一配位层必须用显示溶剂完全饱和 ...

比如你的溶剂是水，你必须用足够多的水分子，把Ca的所有配位点都配位

wzkchem5 发表于 2021-6-3 22:28
腐殖酸靠近Ca的质子必须去掉。羧酸如果和金属离子络合，一般是以羧酸根的形式。
另外PFOS-Ca的能量分解应 ...

谢谢老师，之前没有化学基础才刚刚开始学，外面用了隐式溶剂模型，Ca的第一配位层必须用显示溶剂完全饱和是什么意思？怎么设置？

腐殖酸靠近Ca的质子必须去掉。羧酸如果和金属离子络合，一般是以羧酸根的形式。
另外PFOS-Ca的能量分解应该做错了，稍有常识都知道总结合能不会那么大。结合能大于0说明没有络合作用不假，但是大了那么多，明显超过一般化学能的范围了，显然不能不经思考而接受这个结果，应该去检查哪里搞错了。比如分子结构、电荷/自旋多重度设置之类的。此外，你考虑显式溶剂了吗？Ca的第一配位层必须用显式溶剂完全饱和。外面用隐式溶剂模型。