liuxdhs 发表于 2021-6-4 16:15
好的，非常感谢老师！
我尝试增加二面角力常数进行计算，计算时间明显增加了。

您好，请问二面角力常数如何增大，要改improper相中的哪个参数啊，谢谢您

bobosiji 发表于 2021-6-6 08:35
石墨烯二面角力常数不能随便加，得有依据的吧？一般多大范围内的都算合理呢？多谢提点~

看文献里的参数

sobereva 发表于 2021-6-4 08:55
想刚性大点就增加二面角力常数

石墨烯二面角力常数不能随便加，得有依据的吧？一般多大范围内的都算合理呢？多谢提点~

wzkchem5 发表于 2021-6-5 14:32
对，如果石墨烯的边界不在盒子的边界上，那就必须加氢

好的，非常感谢您的回复！

Seymour 发表于 2021-6-5 10:22
你好，我想请问一下你做的石墨烯在聚合物中的体系具体是要做什么的呢？因为我也在做类似体系，所以有点好奇 ...

是想查看石墨烯在聚合物体系中的运动行为

liuxdhs 发表于 2021-6-5 03:10
您好，谢谢回答！如果使用周期性边界条件，只能是将整片石墨烯横穿盒子。一旦放在盒子中间，还是要加赝氢 ...

对，如果石墨烯的边界不在盒子的边界上，那就必须加氢

你好，我想请问一下你做的石墨烯在聚合物中的体系具体是要做什么的呢？因为我也在做类似体系，所以有点好奇。

sobereva 发表于 2021-6-5 09:56
对于基于分子力场计算有限大小石墨烯的动力学来说，边缘加不加氢对整体动力学行为倒是没啥影响。不过，如果 ...

好的，非常感谢老师的解惑。

sobereva 发表于 2021-6-5 09:53
这不可能影响耗时，肯定是你的错觉或者理解有问题。毕竟这又不改粒子数，又不改力场形式

好的，谢谢老师！可能一开始程序的预计完成时间还没有稳定，所以有这个错觉。

wzkchem5 发表于 2021-6-4 22:06
要么加氢，要么用周期性边界条件，和临近晶胞里的石墨烯碳原子相连。只有这样做，结果才是定性正确的。
...

您好，谢谢回答！如果使用周期性边界条件，只能是将整片石墨烯横穿盒子。一旦放在盒子中间，还是要加赝氢吧？

对于基于分子力场计算有限大小石墨烯的动力学来说，边缘加不加氢对整体动力学行为倒是没啥影响。不过，如果你就是要模拟有限大小石墨烯，就模型本身的化学上的合理性来说，边缘加氢更妥当。

liuxdhs 发表于 2021-6-4 16:15
好的，非常感谢老师！
我尝试增加二面角力常数进行计算，计算时间明显增加了。

这不可能影响耗时，肯定是你的错觉或者理解有问题。毕竟这又不改粒子数，又不改力场形式

liuxdhs 发表于 2021-6-4 09:14
您好！谢谢您的建议，之前我做模拟的过程也是加氢的，但是研究的内容可能不偏向这里，所以后面参照参考文 ...

要么加氢，要么用周期性边界条件，和临近晶胞里的石墨烯碳原子相连。只有这样做，结果才是定性正确的。
如果文献没有这么做，那是文献做错了。

sobereva 发表于 2021-6-4 08:55
想刚性大点就增加二面角力常数

好的，非常感谢老师！
我尝试增加二面角力常数进行计算，计算时间明显增加了。