哥，在线吗？关于模拟有机分子聚集过程参数如何设置的一些问题想请教下您。

tiandikuoyuan 发表于 2021-6-19 16:53
好的，老师，我已经安装2019.6版本计算了一下。
请问我想统计MD过程中某一帧中所有分子内某两个原子间的 ...

得自己写脚本

sobereva 发表于 2021-6-19 00:22
没PBC了，当然不能用Ewald及其变体
改成cut-off算静电作用
并且改用group方式构建邻居列表代替verlet方 ...

好的，老师，我已经安装2019.6版本计算了一下。
请问我想统计MD过程中某一帧中所有分子内某两个原子间的距离分布，比如说计算烷基链末端碳原子和咔唑上氮原子的距离范围和概率，gromacs或者vmd中有现成的命令吗，还是需要自己去编代码计算原子距离？主要是想探讨分子聚集过程中烷基链末端与咔唑之间距离变化范围。

tiandikuoyuan 发表于 2021-6-17 13:50
谢谢老师；我将pbc设为no之后，运行时报错了，说是cutoff-scheme = Verlet不支持pbc = no，但是当前版本[ ...

没PBC了，当然不能用Ewald及其变体
改成cut-off算静电作用
并且改用group方式构建邻居列表代替verlet方式（但版本太新的话不行）

我也试了下，cutoff-scheme = Verlet不支持pbc = no

但是cutoff-scheme只有Verlet一个选项才能支持GPU加速。

sobereva 发表于 2021-6-17 11:44
有真空区的体系明显不应当用DispCorr                 = EnerPres

都说了要去掉周期性，你还写pbc     ...

谢谢老师；我将pbc设为no之后，运行时报错了，说是cutoff-scheme = Verlet不支持pbc = no，但是当前版本cutoff-scheme只有Verlet一个选项，这应该怎么解决？
minim.mdp：

1. integrator      = steep
   
2. emtol           = 10.0
   
3. nsteps          = 5000
   
4. nstenergy       = 1
   
5. energygrps      = System
   
6. nstlist         = 10
   
7. coulombtype     = PME
   
8. rlist           = 1.0
   
9. rcoulomb        = 1.0
   
10. rvdw            = 1.0
    
11. constraints     = none
    
12. pbc             = no

复制代码

错误信息：

1. ERROR 1 [file minim.mdp]:
   
2.   With Verlet lists only full pbc or pbc=xy with walls is supported
   
3. ERROR 2 [file minim.mdp]:
   
4.   Can not have Ewald with pbc=no

复制代码

tiandikuoyuan 发表于 2021-6-16 14:39
老师，我现在在原先盒子(5*5*80)的基础上增加了5nm的真空层，先做能量最小化，然后做了NVT位置限制性模拟 ...

有真空区的体系明显不应当用DispCorr                 = EnerPres

都说了要去掉周期性，你还写pbc             = xyz干嘛，明显要设no

另外，跑你这种体系，做位置限制的动力学这一步完全是多余的，直接做常规动力学就完了

sobereva 发表于 2021-6-16 00:49
constraint设hbonds

想往中间聚集显然得去掉周期性

我也被相似的问题困扰了很久了。。

做表面活性剂的自组装，文献中我看到最低有不到100 mmol/L的浓度即可形成棒状胶束，而我要做到接近500  mmol/L才能看到棒状胶束。。

如果我建立一个长方体的盒子，去掉了周期性，那么，分子就会在长方体内形成棒状胶束吗？

去掉周期性，就是取消pbc = xyz这一行就行了吗？   教程里面的辛醇和水的分离，也形成了棒状的形状，mdp里面就有pbc = xyz，显示XYZ周期以后，看起来就很好。

tiandikuoyuan 发表于 2021-6-15 19:57
非常感谢老师指导！我重新调整参数计算一下。

结构为芳香环+烷基链，只是烷基链长度不一样。

constraint设hbonds

想往中间聚集显然得去掉周期性

描述得不清楚。直接把体系结构截图发出来

直接用NPT就完了，根本不需要先做NVT。平衡之前不要用PR压浴

没事不要自己改fourierspacing、nstlist，直接用默认的

绝对不要用constraints              = all-bonds，一些教程严重误人子弟

用什么方式算静电作用和分子带不带净电荷完全没有直接关系。周期性体系若无特殊情况一律用PME