CHARMM-GUI的炼金术自由能计算疑问

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发布时间: 2021-6-16 10:23

首先我有一个蛋白-RNA复合物，RNA也只由四个核苷酸组成，很短，然后我将RNA中的一个核苷酸的某个H用-CH3取代，这样的变化很小，我想研究这样的变化对于结合自由能的影响，于是想到了炼金术自由能计算，但是我是个新 ...

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HZW 发表于 Post on 2021-6-18 22:22:31

您好，请问下您那个核酸甲基化是怎么实现的啊，就是某个H用-CH3取代。

violet 发表于 Post on 2021-6-18 09:50:50

fhh2626 发表于 2021-6-17 10:11
RNA有专门的力场，不适合用CGENFF，而且CGENFF一般也生成不了大分子的参数文件

好的，非常感谢您的回复

fhh2626 发表于 Post on 2021-6-17 10:11:19

violet 发表于 2021-6-16 17:02
非常感谢您的回复，我确实准备从头学习一下原理和方法，不过我想请教一下，为什么我这个体系不适合在线的 ...

RNA有专门的力场，不适合用CGENFF，而且CGENFF一般也生成不了大分子的参数文件

violet 发表于 Post on 2021-6-16 17:02:00

fhh2626 发表于 2021-6-16 12:09
还是要从头学软件怎么使用，这种工具都是给已经明白每一步的原理的人准备的，走捷径是不行的

你这个体系 ...

非常感谢您的回复，我确实准备从头学习一下原理和方法，不过我想请教一下，为什么我这个体系不适合在线的这个

fhh2626 发表于 Post on 2021-6-16 12:09:15

还是要从头学软件怎么使用，这种工具都是给已经明白每一步的原理的人准备的，走捷径是不行的

你这个体系就不适合用这个在线工具，学学手动建模吧

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