Freyal 发表于 2024-11-15 16:58
您好，请问一下您这个末端P原子不能识别的问题解决了嘛

你好，我最后选择用的是amber14sb_parmbsc1.ff力场，把P原子删除了。你可用charmm36力场自己做末端，可以看这个帖子：http://bbs.keinsci.com/thread-46682-1-1.html。然后再注意把OP1改成O1P

Heyjay 发表于 2024-10-25 15:36
想问下老师，怎么自己做5‘磷酸化末端

您好，请问一下您这个末端P原子不能识别的问题解决了嘛

喵星大佬 发表于 2023-7-18 13:30
两种方法，自己做一个5‘磷酸化末端，处理加在n.tdb里，或者用charmm36力场，新的charmm36力场自带5’磷 ...

想问下老师，怎么自己做5‘磷酸化末端

neutral888 发表于 2023-7-17 21:33
AMBER14SB也无法解决5‘端的P、OP1、OP2 原子的拓扑，目前有解决方法了吗？

两种方法，自己做一个5‘磷酸化末端，处理加在n.tdb里，或者用charmm36力场，新的charmm36力场自带5’磷酸化的末端处理。

AMBER14SB也无法解决5‘端的P、OP1、OP2 原子的拓扑，目前有解决方法了吗？

Tummy 发表于 2022-2-15 14:25
再请教一下，这些力场文件都去哪里找

google搜就有

snljty 发表于 2022-2-15 13:04
http://www.gromacs.org/@api/deki/files/249/=amber14sb.ff.tar.gz

再请教一下，这些力场文件都去哪里找

snljty 发表于 2022-2-15 13:04
http://www.gromacs.org/@api/deki/files/249/=amber14sb.ff.tar.gz

非常感谢

Tummy 发表于 2022-2-15 12:52
那卢老师，AMBER14SB的力场文件有没有资源下载

http://www.gromacs.org/@api/deki/files/249/=amber14sb.ff.tar.gz

那卢老师，AMBER14SB的力场文件有没有资源下载

sobereva 发表于 2021-6-16 12:48
给你个标准的例子

好的，非常感谢卢老师一如既往的help和不厌其烦的解答。

HZW 发表于 2021-6-16 11:27
Program:     gmx pdb2gmx, version 2018.8
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/pdb2gmx.cpp (line ...

给你个标准的例子

2m2c.rar (71.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 249)

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sobereva 发表于 2021-6-16 10:58
都什么年头了还用g_pdb2gmx
别用那么古董的版本当前版本pdb2gmx会问对末端残基怎么处理
根本就没必要改pd ...

Program:     gmx pdb2gmx, version 2018.8
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/pdb2gmx.cpp (line 753)

Fatal error:
Atom P in residue DC 1 was not found in rtp entry DC5 with 28 atoms
while sorting atoms.
.

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

卢老师2018.8也是一样的，请问要用哪个版本啊
gmx_mpi pdb2gmx -f cir.pdb -o cir.gro -water tip3p

sobereva 发表于 2021-6-16 10:58
都什么年头了还用g_pdb2gmx
别用那么古董的版本当前版本pdb2gmx会问对末端残基怎么处理
根本就没必要改pd ...

好的，谢谢卢老师。昨晚您在3群里回答我了，我还没去试