请问sob老师，gmx_MMPBSA是不是不支持过渡金属离子？即便我在立场包里补充了MN原子类型，仍然有这个报错：
我是补充到gmx_MMPBSA环境下的立场包里。（gromacs下top文件夹也也补充了，但这个应该不影响.） |
sobereva 发表于 2024-10-22 15:28 好的，谢谢sob老师 |
lele123 发表于 2024-10-22 14:59 如果95ns轨迹期间都没什么区别，蛋白质构象、和配体结合方式都一样，则MMPBSA的结果会随着取的帧数增加而很快收敛。拿不准就做个收敛性测试，比如5ns和10ns的轨迹对比。从统计精度的原理上来说取得越长越好但越耗时 |
本帖最后由 lele123 于 2024-10-22 15:01 编辑 sobereva 发表于 2022-7-21 11:18 sob老师，请问如果我跑100ns的动力学模拟，从5ns体系比较平稳（RMSD稳定），有必要用后面95ns来计算gmx_MMPBSA吗？还是截取一部分轨迹就可以了？ 比较纠结的是，选取的时间跨度越长，计算结果应该更准确（我的理解），但是耗时也更长。 |
landian666 发表于 2022-7-20 10:40 对于配体受体结合能，最常用的是MMPBSA、MMGBSA和FEP/TI 速度MMGBSA>MMPBSA>FEP/TI 精度FEP/TI>MMPBSA>MMGBSA |
landian666 发表于 2022-7-20 10:40 可参考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/365654509 |
| 老师您好，我想请教一下用gmx_MMPBSA.py计算结合自由能与用Umbrella Sampling计算结合自由能两者有什么区别，用那种方法比较有优势？谢谢！ |
大村驴 发表于 2022-3-4 19:36 AmberTools和AMBER完全是两码事，前者是免费的 |
| 老师，我看说明里说，要用gmx_MMPBSA.py，首先需要安装Amber，那如果我们没有Amber收费组件，是不是就没有办法使用了 |
曦曦弗斯 发表于 2021-11-19 19:47 你看程序介绍里怎么说的 OPLS-AA力场跑生物分子体系相对于这俩来说没有什么优点，我没看出有什么使用的价值 |
| 请问gmx_MMPBSA是不是只能用于AMBER和CHARMM力场？OPLS力场做MMPBSA的计算有什么途径吗？ |
| 参与人数Participants 1 | eV +2 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
|
| + 2 | 好问题 |
nianbin 发表于 2021-11-5 00:37 用虚拟机就完了 只会用windows什么也干不了 |
| 可惜不支持win |
|
gmx_MMPBSA已正式发表 https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.1c00645 |
HZW 发表于 2021-7-9 19:19 发邮件问作者 |
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