sobereva 发表于 2021-6-20 17:48 sob老师,我想针对一个结构中一部分残基进行簇分析,用的如下方法,想请教您是不是可以: 我用cpptraj中dbscan做密度聚类做簇分析,假如输入的结构有200个残基,我在cluster的rms命令中只考虑前27个残基(命令如 rms :1-27&!@H \),是不是可以说我是针对了这27个残基做了簇分析,并没有考虑其他残基对簇分析的影响? 完整命令如下,谢谢: cpptraj parm dna1.prmtop # trajin dna1.mdcrd #输入结构含有200个残基 cluster C3 \ dbscan minpoints 4 epsilon 2.9 sievetoframe \ rms :1-27&!@H \ sieve 10 \ random \ out cnumvtime.dat \ summary summary.dat \ info info.dat \ cpopvtime cpopvtime.agr normframe \ clusterout trajfile \ repout rep repfmt pdb \ singlerepout singlerep.nc singlerepfmt netcdf \ avgout Avg avgfmt restart run |
sobereva 发表于 2021-6-20 17:48 谢谢sob老师~ |
landian666 发表于 2021-6-19 16:28 1 原理上可以 2 不一定自洽，毕竟归簇算法不同，而且PC只考虑了前三个主成分，而帧之间归簇靠RMSD考虑的是所有原子 |
sobereva 发表于 2021-6-18 18:14 谢谢sob老师,问题解决了,还有两个问题想请教sob老师: 1 就是我在研究一个动力学过程中先用GROMACS做动力学计算,然后用gmx_mpi covar 和gmx_mpi anaeig做PCA,然后把轨迹和拓扑转成amber后,用cpptraj中dbscan做密度聚类的簇分析,可以这样混合使用工具做分析吗? 2 通过上面方法得出的PCA三维散点图和簇分析结果能相互自洽吗,也就是说是不是PCA散点图中相对成簇的一些点正好是簇分析某一个簇中所有帧数的集合? |
landian666 发表于 2021-6-17 12:56 很久不用cpptraj，忘了 gromacs的gmx cluster都会给出每个簇里对应的帧，cpptraj应该也有办法给出 |
sobereva 发表于 2021-6-17 11:49 我是用amber的CPPTRAJ做的簇分析,看输出文件里只有噪音帧的序号,想请教下sob老师怎么确认每个团簇的帧序号? |
landian666 发表于 2021-6-16 22:28 把不同的簇的散点分别绘制，用不同的颜色就完了 |
sobereva 发表于 2021-6-16 18:09 还有一个问题想请教sob老师，我现在是把散点图画出来了，怎么在图中将不同的簇用不同的颜色表示那？ |
sobereva 发表于 2021-6-16 18:09 多谢sob老师，第一个问题解决了。 |
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仔细看此文了解基本原理 浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法 http://sobereva.com/73 得到每一帧在PC1、PC2、PC3投影的数值，放到Origin里就能绘制三维散点图 |
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